治疗慢性附睾炎一般可以进行药物治疗、手术治疗。
1.药物治疗：慢性附睾炎主要是由于急性附睾炎没有完全根治，并且经常复发。慢性附睾炎的临床表现比较轻微，检查时会发现附睾部位有硬结，局部有压痛感，附睾不平滑，精索可能会变得更粗，此时可以口服敏感的抗生素，多喝一些水，这样可以有效的缓解病情。
2.手术治疗：但是，如果复发或者是抗感染的药物无效，可以选择手术摘除。
慢性附睾炎应根据细菌培养及药敏试验选择药物。局部热敷或理疗，以促进炎症消退。对于反复发作的慢性附睾炎，可考虑附睾切除或输精管结扎，平时应该吃一些抗菌消炎的食物和吃清热解毒的食物，还有能增强免疫力的食物。
治疗慢性附睾炎目前并无明确的治疗方案，慢性附睾炎单纯应用抗菌药物效果不一定理想。若有慢性男性同志的前列腺炎，必须同时进行治疗。同时应重视男性同志的前列腺的综合治疗。抬高阴囊、局部热敷、热水坐浴等。
慢性附睾炎病人，炎症多继发于慢性前列腺炎或损伤，病人常感患侧阴囊隐痛，胀坠感，疼痛常牵扯到下腹部及同侧腹股沟，有时可合并有继发性的鞘膜积液。检查时附睾常有不同程度的增大变硬。有轻度压痛，同侧输精管可增粗。
附睾丸出现有炎症有可能是因为之前手淫过度的频繁，诱发了细菌性的感染，再加上没有及时的治疗，时间久了之后是会出现有这样的表现的，所以自己是要及时的用药物控制，输液消炎，相对的来说是可以更好的恢复，而且内裤那些都是要穿的宽松透气一些，才不会容易感染的。
朋友患有慢性附睾炎，主要是由于急性附睾炎治疗不彻底，通常伴有慢性前列腺炎。可口服抗生素和治疗前列腺炎的药物。平时，阴囊应抬高，局部热敷，热水坐浴，理疗等。可以缓解症状。如果症状更明显，局部疼痛更严重，反复发作，影响生活和工作，静脉滴注大剂量抗生素。慢性炎症性附睾炎，指伴有异常肿胀、硬结及其他炎症表现的疼痛或不适。第二类，阻塞性慢性附睾炎，指伴有先天性、获得性或医源性的附睾或输精管梗阻所致的疼痛或不适（如先天性梗阻或输精管结扎术后瘢痕形成）。