主要有以下几个因素1.胎儿因素：胎儿存在染色体异常或脏器发育异常，导致胚胎停止发育；2.母体因素：各种因素导致体内环境处于异常状态，影响胎儿发育；3.父亲因素：染色体异常造成胚胎不能正常发育；4.环境因素：环境因素导致胚胎停止发育。如果做检查，就要四个方面做详细的检查，而且是夫妻双方的。还有外界环境，污染，辐射等因素。
胚胎停育的原因主要有四个方面。生殖内心泌方面，因为胚胎早期发育的时候，需要三个重要的激素水平，分别是雌激素，孕激素，绒毛膜促性腺激素，如果母体自身的内源性激素不够，就满足不了胚胎的需要，就会造成胚胎的停育；生殖免疫的问题，如果自身有某种抗体，就会抵制胚胎的发育等。
胎停育一般是因为染色体异常引起的，也可能是母体子宫有畸形或是因为夫妻之间年纪比较大怀孕的。在怀孕之前或者怀孕初期有接触化学物质，放射线，有毒的物质等。怀孕期间少吃辛辣油腻生冷刺激的食物，注意性生活卫生，注意个人卫生，勤换内裤，纯棉质地，开水烫洗，太阳暴晒。
胚胎染色体异常，如果父母一方染色体异常，胎儿染色体就可能出现异常，导致流产：染色体缺失，重叠，倒位以及平衡易位等，但这并不代表着夫妻双方染色体正常，胚胎染色体就一定没有问题。
早期胚胎停育原是由于胚胎染色体异常。当存在胚胎停育的主要危险因素，包括胎儿父母的年龄较大，孕妇子宫畸形，盆腔感染与免疫病，弱危险因素包括既往自然流产史，不孕及辅助生殖，孕期药物使用，孕期咖啡因/吸烟/酒精暴露，肥胖，甲状腺功能不全等可能发生。