卵巢巧克力囊肿手术后有可能会复发，因为巧克力囊肿本身就是由于子宫内膜异位在卵巢，并且周期性的出血才形成囊肿，手术后具有活性的子宫内膜细胞很可能随着月经周期再出血，就会导致复发，卵巢巧克力囊肿术后的病人，用药时间为半年左右，是避免复发的可能性，卵巢巧克力囊肿术后的病人，要定期复查B超，每半年做一次B超检查，了解盆腔内是否有复发的病灶。
巧克力囊肿没有生理性的。是子宫内膜异位症的结果，有两种可能：1.不是巧克力囊肿；2.是巧克力囊肿。不论是不是巧克力囊肿，由于手术直接将囊肿切除了，病灶全部切掉了，自然就没事了。如果有残留的病灶存在，就很可能还会复发。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症引起的，一般会引起痛经，而且会有进行性加重的，有的人还会引起性交痛，不孕，甚至月经不调。如果症状不明显，可以采取药物保守治疗，但是比较明显的就要注意做手术治疗了。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位在卵巢，月经期异位子宫内膜发生脱落出血，在卵巢形成类似巧克力样的包块。发现恶性卵巢肿瘤者，应先予手术，术后予以中西药综合治疗。注意休息，良好的睡眠，避免过度劳累，清淡营养饮食，戒烟，戒酒。
当囊肿影响到激素生产时，可能出现诸如阴道不规则出血或毛体增多等症状，较大的囊肿会对膀胱附近造成压迫，引起尿频和排尿困难。卵巢巧克力囊肿又称卵巢内膜异位囊肿，可表现小腹疼痛、小腹不适、白带异常、月经失常，有时性交会发生疼痛。
卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位导致的，是良性的，这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变，卵巢巧克力囊肿主要表现是痛经，所以应及时进行手术治疗。
