一般来说，新生儿高胆汁酸血症应该通过以下方式进行处理。
新生儿高胆汁酸血症，首先应当完善病毒、肝脏彩超、肝功能等检查。如果是巨细胞病毒感染引起的新生儿高胆汁酸血症，可以遵医嘱使用更昔洛韦进行抗病毒治疗。如果是由于长期静脉营养引起的，高胆汁酸血症，应当遵医嘱适当减少静脉营养的用量，然后运用熊去氧胆酸、苯巴比妥、地塞米松等利胆减黄的药物进行处理，还可以采取鼻空肠管滴入肠内营养乳剂来进行代替。还可以运用利胆减黄的药物进行处理。此外，还可以遵医嘱应用还原性谷胱甘肽、人血白蛋白、支链氨基酸等药物进行。如果是先天性胆道闭锁引起的，则需要通过肝移植、葛西手术等方式进行治疗。
新生儿出现总胆汁酸增高，可能与肝胆系统发育不成熟有关，也可能与新生儿期产生的胆红素不能及时通过胆道系统排泄而出现胆汁淤积有关；同时早期应用静脉影响，特别是应用脂肪乳时，也会增加肝胆负荷，引起总胆汁酸的暂时性升高。除此之外也需要注意肝炎综合症可能，该疾病多由特殊病毒感染，如巨细胞病毒、EB病毒等，初期可能仅表现为总胆汁酸的增高，随后会出现直接胆红素的增高以及肝功能和大便性状的变化。
新生儿总胆汁酸高，如果是轻度的升高，不一定有很明显的疾病所造成的，对于总胆汁酸明显升高时，还应当给予高度的重视，有可能是母婴造成的乙型病毒性肝炎的传播，也有可能是先天性的胆道疾病，比如先天性的胆道闭锁和先天性的胆管扩张。另外，原发性硬化性的胆管炎，也可以造成这种发生，具体还需要根据肝功能以及肝胆影像学的检查来进一步明确原因。
新生儿高胆酸血症，首先应当明确引起的具体原因，针对不同的原因采取不同的治疗方式。首先应当排除是否存在病毒性肝炎，在我国，由于乙肝病毒造成的母婴传播最为常见。对于新生儿应当给予充足的热量和维生素供应，同时给予保肝的治疗，还可以联合应用乙肝疫苗，胸腺肽和干扰素。另外引起新生儿高胆汁酸血症的原因，有可能是胆道梗阻，最常见的还是先天性的胆道闭锁，部分患儿可以采用肝门空肠吻合，最终有可能需要行肝移植。
引起新生儿总胆汁酸增高常见的原因有新生儿溶血性黄疸，主要是由于母亲和胎儿的血型不符所造成的，有可能是ABO血型溶血，也有可能是RH血型溶血，新生儿会出现明显的黄疸和血红蛋白尿。病毒性肝炎，特别是乙型病毒性肝炎，主要是通过母婴途径进行传播的，母亲具有乙肝病史，且病毒的DNA定量较高。先天性胆道闭锁，是一种先天性的疾病，考虑和先天性的发育异常以及病毒感染有着密切的关系。
总胆汁酸偏高通常表现为肝功能的问题，通常包括肝功能的合成、排泄或者摄取方面的问题。具体原因包括肝功能受到损害、胆道梗阻、肝静脉和门静脉分流、肠道疾病，都会导致总胆汁酸偏高。