一般情况下，引起慢性直肠炎的病因有很多，应在辩证的基础上，明确病因，根据病因，对症治疗。
口服药物有时候是中成药，有时候是中草药熬制成汤剂，中成药用的比较多的是肠炎宁，归脾丸，补充益气丸等。中草药一般是具有清热解毒，消肿散结，消炎止疼的功效，临床上比如黄连，黄芪，党参，蒲公英，五倍子等。也可以用以上中药煎汤灌肠治疗。取足三里、上巨虚、天枢穴、合谷穴等穴位。
慢性直肠炎需要中西医结合来治疗效果比较好。注意饮食的调节，一定要吃容易消化食物，过凉的、过硬的、辛辣刺激的食物都不能吃，主要是管住嘴，再服用中药补气的药。避免受凉，控制情绪外，不进食豆类及豆制品，麦类及面制品，以及大蒜、韭菜、洋山芋、皮蛋、卷心菜、花生、瓜子等易产气食物。
慢性直肠炎的治疗方法主要是改变饮食习惯，平时少吃辛辣油腻的食物，少吃咸菜，少吃不易消化的食物，季节性变化应注意保暖，避免感冒，避免致病因素，每天保持大便通畅，定期复查肠镜，多吃水果蔬菜，少吃冷食。
慢性的直肠炎，属于良性的改变，也不是很严重的疾病可以考虑选择消炎药治疗的，另外就是注意个人的习惯了，尽量地不要吃辛辣刺激的食物，另外就是生冷刺激的食物也少吃，多喝水保持大便通畅。
慢性直肠炎是一种原因并不很清楚，反复发作的慢性疾病。从现在有的临床的研究来看，并没有一种治疗可以导致它治好不再发作。但是慢性直肠炎是可以临床控制症状的，通过药物治疗包括灌肠、口服药物以后能达到临床没有任何症状。通过饮食以及生活调理，还有避免诱因的出现来长期的让它不发作，这样对于慢性直肠炎也就叫临床控制了。
慢性直肠炎药物治疗是非常的关键，选择促进大便排出的药物，可以促进胃肠蠕动，将大便排出，来减少对直肠黏膜的刺激，缓解直肠炎的症状，也可以吃些消炎药，除了药物，要注意饮食的习惯，用饮食来配合药物治疗，缓解直肠炎的发生。