由于口腔溃疡引起的牙疼可以吃一些消炎的药物进行治疗，因为口腔溃疡会出现细菌，这样牙龈就会出现炎症感染，所以需要在医生的指导下服用抗感染或者是消炎的药物进行治疗。
口腔溃疡的治疗，主要是去除病因、增强体质、对症治疗。首先应该去除口腔内的不良刺激因素，比如残冠、残根、不良修复体、不良正畸等，同时戒烟限酒，不要吃辛辣刺激性的食物。其次多吃水果、蔬菜，多吃高蛋白的食物，补充机体所需要的营养及维生素。进行适当的体育锻炼，保持愉悦心情。口腔溃疡的局部保持清洁，局部使用口腔炎喷雾剂或者西瓜霜适量外用，促进愈合，一般口腔溃疡一周左右可以完全愈合。
口腔上火一般会导致牙龈肿痛，口腔溃疡等问题。当口腔上火，可以口服一些清热解毒的食物，还有药物进行治疗。服用清热解毒药物治疗期间不要吃刺激的食物，还要注意口腔卫生。
口腔溃疡本身是一种复发性和自愈性的疾病，由于其具有复发性，所以在治疗的时候，可以采取提高免疫力的方法拖延其复发的周期。如果经常发生口腔溃疡，说明身体的免疫力比较低下，可以在平时注意多锻炼身体，均衡饮食，提高身体免疫，也可以口服一些提高免疫力类的药物进行治疗。
用西瓜汁治疗口腔溃疡的方法相对来说就比较简单了，让幼儿在嘴里含上1～2分钟再吞下，每天反复几次，对口腔溃疡的愈合有帮助。幼儿口腔溃疡时家长可以让孩子食用鸡蛋花，具体做法是把鸡蛋打到碗里搅拌均匀，将绿豆放清水浸泡十分钟后煮沸，用煮沸的绿豆水冲打鸡蛋，每天早晚喂孩子。
反复出现口腔溃疡要警惕舌癌。舌边缘慢性溃疡是口腔溃疡中的一种，不少病人发现舌头红肿，有小水泡或者是出现溃疡创口，都是舌边缘溃疡的表现。舌溃疡和普通的口腔溃疡一样，即使不治疗也能够痊愈，但是如果是慢性舌溃疡，病人则应该开始治疗，预防出现舌癌。