非淋菌性尿道炎患者通常可以通过使用药物、日常护理等进行治疗。
1.使用药物：非淋菌性尿道炎患者可以在医生的指导下使用四环素类、大环内酯类等药物激进行治疗，一般能有效地控制患者的病情。
2.日常护理：非淋菌性尿道炎患者应注意休息，保证充足的睡眠，避免搔抓患处。
非淋菌性尿道炎可以通过口服抗生素和生活护理来治疗。
常用的抗生素有阿奇霉素、米诺环素等大环内酯类抗生素。饮食方面要注意清淡饮食，不要吃辛辣刺激性的食物，戒烟戒酒，不要喝浓茶、咖啡等刺激性饮料，要多喝水，勤排尿，通过尿液的冲刷作用，排出尿道内的炎性渗出物。
注意外生殖器的卫生，保持尿道口清洁干燥。治疗期间不能同房，避免交叉感染。
非淋球菌性尿道炎是由衣原体、支原体等淋球菌以外的其它病原体所引起的尿道急慢性炎症，因此在治疗上主要是使用抗菌药物。
由于这种尿道炎可以通过性接触传播，因此在治疗期间要采取防护措施，避免交叉感染。
临床上治疗非淋菌性尿道炎的药物有三大类，其中以大环内酯类使用最为广泛，常用的有阿奇霉素片、红霉素肠溶片等。此外，盐酸环丙沙星片、氧氟沙星胶囊等喹诺酮类药物，也可以用于非淋菌性尿道炎的治疗。
非淋球菌性尿道炎主要是感染了淋球菌以外的病原体，引起泌尿生殖系统的黏膜的炎症，主要是衣原体、支原体等。其临床表现主要表现一些尿道的刺激征状，如尿频、尿急、尿痛等尿路的刺激征状。
非淋菌性尿道炎可引起一系列并发症。可造成性功能障碍，如性欲减退、阳痿、早泄等，男子不育，植物神经功能紊乱，如烦躁易怒、精神萎靡、失眠多梦乏力等。非淋菌性尿道炎合并附睾炎者，会导致梗阻性无精子症，造成男性不育。另外，非淋菌性尿道炎还会导致睾丸炎、输精管炎等疾病。
非淋菌性尿道炎肛门坠，25岁以下占60%。男性可合并附睾炎，附睾肿大，发硬且有触痛，有的还可合并睾丸炎，前列腺炎等。女性可并发官颈炎，宫颈炎症和糜烂，分泌物增多，阴道及外阴瘙痒采用广谱抗生素疗法，并且强调要连续不间断用药，要规则、定量、彻底治疗。治疗后10－20天复查再次均为阴性，并用临床症状消失。本病治疗时所需的疗程较长。