一般情况下，左归丸和右归丸有药理作用不同、药物成分不同等区别，具体情况分析如下：
左归丸是一种滋补肾阴的药物，主要用于治疗因真阴不足引起的腰膝酸软、自汗、盗汗、尿频遗精、眼花耳聋、口舌干燥、头晕耳鸣、精神萎靡、记忆力减退等。右归丸滋补肾阳，可用于肾阳不足引起的腰膝酸冷，精神不振，怯寒畏冷，阳痿遗精，尿频清，大便溏薄等症状。这两味药的配方都不一样，右归丸是用左归丸去掉了一些滋阴药，再加入一些温补肾阳的药物。
主要适用于肾阳不足导致的命门火衰、腰膝酸冷、精神不振、怯寒畏冷、大便溏稀、尿频、尿清等症状。还可以用于治疗肾阳不足导致的性功能减退、精子缺乏症、骨质疏松症，也可以治疗肾病综合征等疾病。
右归丸可以辅助治疗阳痿，临床上可以通过右归丸来治疗肾阳不足所引起的性功能衰退，像男性出现的阳痿早泄，还有精子缺乏症，以及性生活质量的下降，都可以进行治疗。右归丸对于青壮年的阳痿，效果理想，但是对于老年性的阳痿，早泄效果一般。
这两味药物是不能交替服用。左归丸的有滋阴补肾，填精益髓的作用，主要用于真阴不足证，以头晕目眩，腰酸腿软等。右归丸有温补肾阳，填精益髓的作用，主要适用于肾阳不足，命门火衰证等。
通常情况下，左归丸和右归丸有成分上的区别、治疗疾病的区别。具体情况分析如下：
成分上的区别：左归丸是由熟地、菟丝子、怀牛膝、龟板胶、山茱萸、枸杞子、山药、鹿角胶等组成。右归丸由熟地、川附子、肉桂、山药、山茱萸、菟丝子、鹿角胶、枸杞子、当归、杜仲炭等。
治疗疾病的：左归丸可以治疗肾阴虚，而右归丸治疗肾阳虚。
