诊断甲状腺囊肿，检查甲状腺素的水平。如果甲状腺素增高，说明有可能是恶性的肿瘤。如甲状腺素不高等，则无需处理，勤查一查即可。甲状腺囊肿是一种良性疾病，在一般情况下不会引起症状，但是一旦发生，就要注意及时治疗，否则会造成严重后果。如甲状腺素的变化，论证问题比较严重，手术切除治疗势在必行。饮食上注意清淡、多油少盐。
此外，甲状腺囊肿的病人应保持平时的心理状态，乐观和愉快的心态，缓解种种压力。培养良好饮食习惯，食用新鲜水果及海产品。
甲状腺囊肿疑似良性时肿瘤较小，定期复查，每3-6个月复查彩色多普勒，复查甲状腺功能。瘤长2cm以上时，患者情绪高涨，手术欲望强烈时，可能为手术。手术的方法有常规切除，有的现在称为微创美容手术。是彩色超声引导下的微波消融治疗。因为这个没有手术的伤口，术后美容效果理想，也可以提供建议。如果怀疑有恶性可能性，建议进行术中冰冻检查。
甲状腺囊肿、是细菌感染局组织异常增所致、吃药打针效果不佳。去医院外科、内分泌科进一步检查。做甲状腺囊肿切术。抗感染、抗消炎。甲状腺囊肿需要挂内分泌科检查，做甲状腺B超和甲状腺功能检查，在医生指导下处理，必要时手术治疗。
甲状腺囊肿是发生在甲状腺组织的液体囊性肿瘤，若甲状腺囊肿较小，患者可无任何症状处理的较大，如2-6cm，有压迫症状，外观明显肿块，需治疗。
甲状腺囊肿主要治疗手术，结节小时可穿刺吸出液体，注入无水酒精，或进行射频治疗、消融治疗。大多数患者需用手术治疗，尤其是大囊肿。甲状腺囊肿一般不会自行消退，有时略有缩小，里面的液体可以自行吸收，少数变小，但不能完全消除。患者在治疗上主要治疗手术，尤其是合并暴发性增大病史或合并囊内出血的患者需治疗手术。
不是所有甲状腺囊肿都需要治疗，而是要根据甲状腺囊肿的大小和形态而定。
一般甲状腺囊肿的诊断主要通过超声，即颈部彩色多普勒明确诊断。微小囊肿如3-4mm囊肿，无需进一步治疗，只需临床观察，无内分泌影响，无压迫局部胀痛的情况下只需每半年或一年进行颈部彩色多普勒，观察囊肿是否变大即可。对于较大囊肿，如给患者带来局部不适及压迫感，则需切除手术。如果确认为良性甲状腺囊肿，可以进行局部切除。而如果确诊为恶性甲状腺囊肿，则需要进行根治性甲状腺切除手术。
结节性甲状腺囊肿治疗方法如下：
1、饮食治疗：对于体积较小、甲状腺功能未出现异常的囊肿，可以先行观察。患者饮食中可多吃海带、紫菜、海鱼、高碘盐等含碘食物。
2、服药治疗：患者囊肿引起甲状腺功能异常，一般需服药控制。目前主要有两种放射碘和激素类药物的方案。
3、手术治疗：体积较大且服药治疗无效的甲状腺囊肿，或可能发生恶性病变的甲状腺囊肿，可选择仅切除囊肿、部分甲状腺组织切除、全甲状腺切除3种方案。