甲状腺囊肿是发生在甲状腺组织的液体囊性肿瘤，若甲状腺囊肿较小，患者可无任何症状处理的较大，如2-6cm，有压迫症状，外观明显肿块，需治疗。
甲状腺囊肿主要治疗手术，结节小时可穿刺吸出液体，注入无水酒精，或进行射频治疗、消融治疗。大多数患者需用手术治疗，尤其是大囊肿。甲状腺囊肿一般不会自行消退，有时略有缩小，里面的液体可以自行吸收，少数变小，但不能完全消除。患者在治疗上主要治疗手术，尤其是合并暴发性增大病史或合并囊内出血的患者需治疗手术。
不是所有甲状腺囊肿都需要治疗，而是要根据甲状腺囊肿的大小和形态而定。
一般甲状腺囊肿的诊断主要通过超声，即颈部彩色多普勒明确诊断。微小囊肿如3-4mm囊肿，无需进一步治疗，只需临床观察，无内分泌影响，无压迫局部胀痛的情况下只需每半年或一年进行颈部彩色多普勒，观察囊肿是否变大即可。对于较大囊肿，如给患者带来局部不适及压迫感，则需切除手术。如果确认为良性甲状腺囊肿，可以进行局部切除。而如果确诊为恶性甲状腺囊肿，则需要进行根治性甲状腺切除手术。
甲状腺囊肿、是细菌感染局组织异常增所致、吃药打针效果不佳。去医院外科、内分泌科进一步检查。做甲状腺囊肿切术。抗感染、抗消炎。甲状腺囊肿需要挂内分泌科检查，做甲状腺B超和甲状腺功能检查，在医生指导下处理，必要时手术治疗。
甲状腺囊肿的治疗方法如下：
1、囊肿体积在2.5厘米以下或2厘米以下，边界清晰，周围无浸润，可观察或中医及内科治疗。
2、出现严重桥本病，即慢性淋巴细胞毒性甲状腺炎，建议给予内分泌治疗。
3、持续性、多发性甲状腺囊肿患者可给予手术治疗，过程中应避免呼吸系统感染，防止甲状腺脓肿发生。
4、囊肿体积大，患者出现呼吸困难或颈动脉缺血等症状，建议及时治疗手术。
5、射频治疗是一种新的治疗方式，可以作为方案的替代，但不建议。
甲状腺囊肿有的可能会自愈。
甲状腺为单纯囊肿，如2-3mm，甚至1mm等很小时，经过一段时间复查后，可发现不进行治疗，甲状腺囊肿也会消失，之后可能也不再出现。但甲状腺囊肿较大时，完全消失的可能性就小，囊肿可能会变小，但不容易完全消失。因此，甲状腺囊肿是否能自愈不能一概而论，小的单纯囊肿可能自愈。甲状腺囊肿一定要根据情况进行具体分析，不要自行处理，需要去医院就诊，向医生寻求最佳建议。
甲状腺囊肿疑似良性时肿瘤较小，定期复查，每3-6个月复查彩色多普勒，复查甲状腺功能。瘤长2cm以上时，患者情绪高涨，手术欲望强烈时，可能为手术。手术的方法有常规切除，有的现在称为微创美容手术。是彩色超声引导下的微波消融治疗。因为这个没有手术的伤口，术后美容效果理想，也可以提供建议。如果怀疑有恶性可能性，建议进行术中冰冻检查。