手术是治疗鳃裂囊肿的最有效方法。手术切口常选择在下颌骨侧皮肤，与皮肤纹路一致，切口愈合后的瘢痕是在皮肤上划了一条线。伴有感染者不宜做手术，应使用抗生素控制感染后再接受手术治疗。
较小的囊肿不适症状暂时不用治疗，较大的囊肿需要尽早手术，平时注意不要刺激囊肿部位，以免引起感染。囊肿是局部组织出现囊样变化，是与炎症，先天性发育，外伤，自身体质等多因素有关系，囊肿可以长在身体各个部位。
囊肿不能挤压的，很容易刺激囊肿增长，或者是疼痛，囊肿是良性肿瘤，可能会出现在皮肤表面，身体如果有囊肿出现，平时不能吃含激素多的食物，注意观察是否有持续增长，有明显症状，需要手术切除治疗。
囊肿最常见为肝囊肿、肾囊肿、皮脂腺囊肿或腱鞘囊肿。肝囊肿是肝脏比较常见的良性疾病，囊肿大多数为良性疾病。如果胰腺上有小囊肿就需要注意，其是否有恶性的可能性。
具体看女性是哪个部位的囊肿，有卵巢囊肿和宫颈囊肿，一般囊肿不会影响妊娠，如果卵巢囊肿很大，可以怀孕和分娩剖宫产进行囊肿切除治疗，如果不是大囊肿，第一次观察不影响妊娠。宫颈囊肿是慢性炎症。症状不影响怀孕。
