肛门闭锁又称低位肛门直肠闭锁，确诊后应尽早行手术治疗，一般施行会阴肛门成形术，也可采用骶会阴肛门成形术，可以遗留肛门狭窄，建议定期扩肛。这是一种先天发育性畸形，应该不具有遗传性，除非有家族性的遗传病史。
肛门闭锁检查费用大约是2百-4百元左右。由于先天性肛门闭锁分类的不同，根据不同的类型采取不同的检查方法，所以费用是不能一概而论的，一般低位的肛门闭锁费用相对少。
肛膜切除术：切开肛膜，吸尽胎粪后，沿肛缘剪去肛膜，扩肛使肛管能通过示指，稍游离直肠下端黏膜，然后将直肠黏膜松弛地缝于肛周皮肤。术后10天开始扩肛，每周2-3次，直至肛门无狭窄，排便通畅为止。
肛门闭锁的手术根据类型不同，可采取肠造瘘，会阴肛门成形，腹会阴肛门成形，骶会阴肛门成形术，或腹腔镜肛门成形术：通过腹腔镜在微创情况下，建立一条隧道，将直肠在会阴部做吻合，是最佳手术方式，很少发生大便失禁。
肛门瘙痒是一种常见的局部瘙痒症。肛门部有时有轻微发痒，如瘙痒严重，经久不愈则成为瘙痒症。它是一种常见的局限性神经机能障碍性皮肤病。一般只限于肛门周围，有的可蔓延到会阴、外阴或阴囊后方。