在临床上常用的治疗方法，有对因治疗、对症治疗以及其他治疗。而对于所有疾病，对因治疗是最有效的治疗方法。所以治疗肾积水，就应该从病因开始治疗。而从肾积水的主要病因来讲，一方面是泌尿系统先天性的结构异常，而另一方面是由于某些泌尿系统疾病所致，例如泌尿系的炎症、结石、肿瘤等因素，再有就是来自泌尿系外伤愈后形成的瘢痕以及盆腔其他器官的肿瘤的压迫等因素。所以基于这些不同的病因，需要采取不同的治疗手段。
肾积水的治疗大多数人不用治疗，可完全治愈。而由泌尿系感染引起的肾盂积水，多建议应用抗生素治疗，建议行中段尿微生物培养、泌尿系彩超、泌尿系CT等相关检查，治疗疗程一般为2周，为复杂性尿路感染。待感染控制稳定以后，肾积水也可以自行消失。如为梗阻引起的肾积水，明确是结石还是肿瘤压迫引起的，大多数解除梗阻后，肾积水可以消失。
肾积水是十分常见的一种疾病，肾积水主要是存在有输尿管梗阻或者其他的尿路梗阻。输尿管梗阻常见的原因是输尿管狭窄或者输尿管结石，引起肾脏积水。肾积水治疗的关键是及时解除梗阻，如果是输尿管狭窄引起的肾脏积水，通常可以行输尿管切除断端吻合手术，只要将狭窄段去除，就会使肾积水缓解。
通常情况下，孕期右肾积水可以通过药物、手术治疗。
孕期右肾积水，如果明显的有肾绞痛的表现，可以注入硫酸镁针剂、间苯三酚针剂、黄体酮针剂缓解疼痛，并且不危害胎宝宝。与此同时，在局麻下开展输尿管置管手术治疗，将积水注入肾脏功能，可以有效的维护肾脏功能，直到不必出生后，可以进一步查验积水的缘故。如果是尿结石造成的，可以选择体外碎石、内镜下的激光碎石处理结石。
局部处理，对于梗阻部位的病变可用局部处理解决者，如粘连分离，纤维索带切断，血管移位再吻合，结石摘除等，对于局部压迫过长已造成输尿管局部发育严重受损时，应将此段输尿管切除再吻合；病因治疗，去除肾积水病因，保留肾患，手术方法取决于病因的性质，例如先天性肾盂输尿管连接部狭窄可作肾盂成形术，肾、输尿管结石可行碎石或取石术，这些手术近年可用内腔镜进行。
肾结石肾积水的处理方法如下：
第一，如果是轻度的尿液，结石直径在2cm以内，可以用体外震波碎石，7个星期后再做一次检查，看有没有排石，有没有肾脏水肿。
第二，如果肾结石超过2cm，且有中等程度的积水，可以选择经皮肾镜、输尿管软镜下钬激光碎石术，首先将肾内的积水全部排出，然后再进行手术。
第三，如果是肾结石伴有严重的肾水肿，应尽快进行外科治疗，尽快排除肾内的碎石，消除输尿管阻塞，尽量保留肾的正常功能。对于肾脏结石的处理，要针对具体的病情采取相应的治疗措施。
