是由于部位的肌细胞被大量胶原纤维分离，失去了正常的排列，不能有效地传递来自起搏细胞的电活动，阻断了正常蠕动的传送。先天性肾积水大都是因为机械性梗阻导致的。
新生儿轻度肾积水需要根据导致肾积水的病因来给予治疗。如果是肾结石引起的，可以给予药物排石，体外冲击波碎石以及经皮肾镜取石术；如果是前列腺增生引起的，需要给予前列腺电切或者前列腺手术来治疗。
新生儿肾积水出生后多长时间消失要根据病情情况而定，这种疾病有生理性和病理性两种，一般生理性会自行消失，而病理性就需要通过相应疗法治疗，才能取得更好治疗效果，家长一定要尽快带孩子到医院进行检查，做好定期复查工作也非常重要，不能盲目治疗疾病。
肾积水的临床主要症状有结石疼痛、肿瘤血尿、尿道狭窄、排尿困难等。水的侧面在腰部膨大。复杂的感染包括寒战、发烧和脓尿。腰部囊性肿块在患侧。双侧慢性肾功能不全梗阻，尿毒症。腰痛腰囊性肿块。肾体积增大，皮质变薄，实质液暗区。X光静脉尿路造影显示肾积水。
肾积水20mm很严重，在临床上生理情况下，肾积水不会超于10mm，一旦超于20mm，考虑出现梗阻，如急性肾盂肾炎或者是输尿管肾结石等，需要积极治疗。因为肾盂积水会压迫正常的肾组织，使肾皮质变薄，严重时可以出现肾盂化脓或者是肾功能受损、肾功能衰竭的情况。
肾积水会造成尿路感染、肾萎缩、结石形成、巨大肾积水、引起全身中毒、肾脏剧烈疼痛、引发高血压。长时间的肾积水得不到缓解就会发生感染症状，感染之后有脓尿和全身中毒的症状，这时候就像炎症一样会身体发热，头痛是难免的，胃肠功能紊乱也会发生，比如恶心呕吐，还可能引起结石出现，结石还会阻塞尿道并发肾积水，肾积水又诱发结石形成，肾积水得不到缓解，这两种疾病就会交替出现。这样也会引起反复的尿液感染，让肾结石的病情更加严重。建议及早到医院检查对症治疗，日常可以多吃黑木耳。黑木耳含有多种矿物质，能对各种结石产生强烈的化学反应，剥脱、分化、侵蚀结石，使结石缩小，排出。