对滴虫和阿米巴原虫有强大的杀灭作用，也可用于治疗厌氧菌感染，主要用于治疗阿米巴痢疾和阿米巴肝脓肿及滴虫性阴道炎，治疗滴虫性阴道炎，对牙周炎也有一定的疗效，外用大多用于治疗痤疮、疥疮、酒糟鼻。
在怀孕初期使用了甲硝唑栓会对胎儿产生影响。
在怀孕初期使用了甲硝唑栓会对胎儿的生长发育情况产生一定的影响。若是孕妇使用甲硝唑栓的时间比较短，使用的药量比较小，对胎儿产生的影响可以忽略不计。若是孕妇使用时间比较长，可以会导致产生胎儿流产的可能性，严重者可能会导致胎儿产生畸形的可能性。孕妇在孕期使用需要在医生的指导下用药。
有一部分女性在使用甲硝唑栓以后，可能会出现外阴明显的灼热反应，甚至还会有轻微的刺痛。而且在用药后的第二天，还会有明显的分泌物从阴道内排出，分泌物里面既包括有白带，也包括药渣。
这是一种脂溶性栓剂，可以抑制细菌脱氧核糖核苷酸的合成，最终导致细菌的死亡。临床上常用来治疗细菌性阴道炎、滴虫性阴道炎。一般是阴道给药，每天一次。药物副作用一般会有消化道的不良反应，如呕吐、腹部绞痛，也有感觉异常，肢体麻木等不良反应，这些症状会随着药物的停用自行消失。
有活动性中枢神经系统的疾病和血液病患者是禁用的，妊娠期妇女及哺乳期妇女也是禁用的，甲硝唑的副作用主要是胃肠道反应包括恶心，呕吐，食欲不振，腹部疼痛等。甲硝唑有一定的致癌性，这个药是不能长期口服的。
这种药物有强大的杀灭滴虫的作用，是通过在虫体内转变为还原形式，而破坏虫体的DNA结构，从而损害DNA模板的功能，为治疗阴道滴虫药的药物。此外，它对肠道以及组织内的阿米巴原虫有杀灭的作用，都用于阿米巴痢疾和阿米巴肝脓肿。