主要的手术方法是微血管减压术。是一种全麻手术，做的时候先在耳朵后面打个洞，通过显微镜在颅内操作，用手术器械将压迫在三叉神经根上的血管分离开，使血管不在压迫神经根，这样从根本上解决三叉神经。
三叉神经痛分为保守治疗和手术治疗两大类，保守治疗里边最首选的还是药物治疗，药物治疗和保守治疗如果效果不好，可以考虑转向手术治疗，手术治疗现在公认比较有效的治疗有两个手术，一个是三叉神经微血管减压手术，还有一个是三叉神经射频热凝消融术，这两种手术各有利弊，都能够达到一定程度上的三叉神经的治疗。
偏头痛不属于三叉神经疼痛，三叉神经疼痛属于三叉神经附近的血管病变或者畸形压迫神经组织引起的疼痛。偏头痛与生活压力、内分泌失调等因素有关。偏头痛与三叉神经痛并无明显关系，临床上要注意鉴别，不可混淆，因为治疗方法不同。偏头痛是由于血管收缩和舒张功能紊乱而引起的血管性头痛。临床表现为单侧或双侧搏动性头痛，疼痛持续5-3天左右，伴有恶心呕吐等症状。非甾体类消炎止痛药物是治疗的主要方法。
在临床上，可以通过临床表现来确诊偏头疼和三叉神经痛。
偏头疼通常是有前兆的，主要症状是视力的减退，或有散射的闪烁的斑纹，这说明偏头疼的症状，在头疼的时候，可以看到额部和大量的一种波动性头疼，有些病人还会影响到另外一边的头疼。三叉神经痛通常是一边电灼样、针刺样、刀割样的疼痛，这种疼痛通常不会超出中间的位置，通常是一边头疼，一边不会出现头疼症状；也有一些人会出现两侧的头疼，这种头疼会在几分钟到一分钟之间。
三叉神经痛发作时可服用止痛药物治疗，发作严重时可行神经微血管减压术，三叉神经痛较难治，三叉神经为第五对脑神经，是混合性脑神经，分布区域为两边侧脸，三叉神经痛即常说的脸痛，常由风吹，情绪激动诱发，疼痛较剧烈，三叉神经疼痛发作频繁症状会加重。