肝内毛细胆管炎治疗包括抗炎、保肝、解除胆道梗阻，利胆以及其他支持等治疗，主要有内科保守治疗和外科手术治疗。内科保守治疗当中，病人如果能够改善症状，促进病情缓解，可以避免手术。
手术切除是肝内胆管癌的治疗方式。范围要看癌肿部位以及癌肿的大小，手术方式包括左右半肝切除术、肝叶的部分切除术，以及肝段部分切除术等。肝内胆管癌有淋巴侵袭性，容易发生淋巴结的转移。手术时要注意清扫淋巴结。肝内胆管癌发现时往往已是疾病的晚期，应是早发现、早治疗，以提高疗效以及生存质量。
手术治疗也可以进行，主要的手术方法是：胆管高，切口和结石清除，以及胆道和肠道引流，或消除肝内感染性病变。整个手术过程中都使用了视频辅助内窥镜。无疼痛，无创伤，无出血，完全治疗肝内胆管结石，保持肝组织正常。
出现肝内胆管囊腺瘤，还需要根据肿瘤的大小选择合适的治疗方案，观察是否有手术指证，这属于一种良性肿瘤，还需要注意，如果临床表现比较明显，或者肿瘤直径较大，短期内快速生长，还需要尽早选择手术进行治疗。平时要多注意休息和适当的运动，不要吃生冷辛辣的食物，要多吃蔬菜水果之类的东西。
出现肝内胆管壁回声增强是一种最常见的现象，主要表现为钙化的病灶。是还避免不了有血吸虫感染的原因。一旦出现了这些情况，必须做进一步的检查来诊断。做肝胆电脑断层扫描或核磁共振成像后在对症治疗。
如果病人肝内胆管癌现在发烧在38度以下的话，可以选择物理降温，用温热的毛巾擦拭全身，如果是38度以上的话就要用退热药了，病人在手术后的护理也是很重要的，在饮食上要营养均衡一些，饮食多以清淡的为主。
