慢性肾炎的治疗主要是应当以防治或者延缓肾功能进行性恶化、改善和缓解患者的临床症状以及防治一些严重的并发症为主要治疗的目标，而不是以消除患者尿中蛋白、红细胞为主要目标。
慢性肾炎分为四期。第一期为肾功能储备代偿期，肌酐升高，但不出现症状，容易治疗。第二期为肾功能不全期，这时肾小球已经有较多损害，肾脏排泄废物已有障碍，表现为疲乏无力，体重减轻，血压不稳定。第三期为肾功能衰竭期，这时肾功能损害已经严重，应及时治疗。第四期为尿毒症终末期，此时患者只能采用透析治疗或肾移植。
慢性肾炎的肾小球治疗主要是抗感染治疗，有些还可以使用糖皮质激素进行治疗。应注意定期复查以监测肾功能的变化。一些病人可能患有肾功能损害。保持局部清洁卫生，避免上行感染，注意多喝水，多排尿，有利于疾病的恢复，饮食清淡。适当运动，按时休息，不要熬夜。
慢性肾孟肾炎需要通过口服药物并且配合静脉注射进行治疗。慢性肾盂肾炎有些是由急性肾盂肾炎转化而来的，而多数情况下都由于复杂性尿路所导致，比如肾盂输尿管连接处狭窄、前列腺的增生等。
慢性肾盂肾炎的治疗:一般治疗，注意个人卫生，摄入充足水分，定期排空膀胱，睡前排尿，可行二次排尿法。寻找复杂因素并去除，如手术解除梗阻或纠正反流等。应用抗生素治疗的原则：仅治疗有症状的细菌尿、用药之前行细菌培养并根据药敏结果选用抗生素、忌盲目使用抗生素而不注意去除复杂因素。
治疗原则主要包括以下几个方面：积极控制高血压，防止肾功能减退，预防心血管合并症。改善远期预后，可根据患者具体情况，选择ACEI或ARB一类具有降低尿蛋白作用的降压药物，控制蛋白质的摄入，避免感染、脱水、劳累、服用肾毒性药物，各种治疗需在专科医生的指导下进行。