灰指甲的疗法要用抗真菌药物，因为指甲的结构非常特殊，一般的外用药渗透能力不够，所以灰指甲现在主要是以吃一些药物为主，随着新长出来的指甲会变好，随着好的指甲逐渐往前生长，慢慢从过去的坏指甲就变成完全好的指甲。
一些口服药对于灰指甲的确有立竿见影的效果，但是，其多为肠胃所吸收，到达病甲部位的有效成分却极少，并且，对于肝功能不正常的人，此法无疑是雪上加霜，轻则会使肝脏病症加剧，重则可危及生命。治疗灰指甲的手术拔甲。通过手术拔甲来治疗灰指甲，相信很多人已不敢再领教了，因为这个方法虽然在表面上看，很快就能除掉灰指甲，其实是治标不治本，若未杀灭真菌，依然会再生出甲癣，而且拔甲还令人疼痛难忍。
灰指甲，是由真菌感染造成的。治疗办法是：口服抗真菌类的药物进行灭真菌治疗。在药物选择方面，可根据年龄以及其肝肾功情况、感染灰指甲的真菌种类进行选择。如果没有行真菌培养，可以选择抗菌谱比较广的药物，如伊曲康唑胶囊来抗真菌治疗，或行冲剂疗法，服用1星期停3个星期，一共进行3-4个月。在治疗同时，每个月监测一次肝功，因为抗真菌的药物会对肝脏有一定的损伤。
灰指甲称作是甲癣，需要检查真菌，如果真菌阳性的情况就考虑是本病。可以口服药物治疗，手的灰指甲需要口服3个月左右，足部的灰指甲口服4-6个月。同时在外用药的选择上，可以选择消炎类药膏。
由于每位患者的灰指甲病程进展与症状各不相同，治疗灰指甲的最好方法不能一概而论，建议患者到医院就诊，遵医嘱采取合适的治疗方法。
对于灰指甲症状轻微的患者，可优先选用外用搽剂进行治疗，如亮甲牌复方聚维酮碘搽剂。该药物能够促进药效成分渗透甲下，有效杀灭甲下真菌，降低真菌的滋生、感染风险，按疗程使用可帮助患者减轻症状，改善病情。症状较重的灰指甲患者，在使用外用搽剂的同时，需配合口服抗真菌药物如氟康唑、伊曲康唑等帮助治疗，可起到更好地杀菌疗效。但这类药物具有一定的肝毒性，用药期间应及时复查肝功能。
