脑血栓的治疗需要看具体的患病情况，而越早治疗，可能性就越大。手术治疗不仅风险高，还会造成肢体伤害，平添了痛苦。可以采用运动疗法是应用各种运动治疗肢体功能障碍，促进运动、感觉等功能恢复的治疗方法，为现代康复的重要治疗手段，开展关节活动度训练、肌力训练、关节松动训练、平衡和协调训练、移行训练、有氧训练、各种神经肌肉促进技术以及减重支持行走训练。
脑血栓治疗是比较困难的，因为脑血管手术风险太大，通常是以药物抗血小板的药物来进行治疗的，可以通过长期的服用药物来使脑血栓的血浓度降低，这样的治疗方法是比较温和的，易于掌控和坚持，而且长期用药能够降低疾病的复发率。
进行康复治疗，首先要针对神经系统功能障碍进行积极的康复。主要是进行坐位平衡，站位平衡的训练，包括对瘫痪肢体的，被动和主动锻炼。当然是在康复医生的指导下进行系统训练。如果出现饮水呛咳，需要进行吞咽功能的康复训练，吞咽功能的训练，可能时间也会很长，同时可以配合针灸等方法进行治疗。
脑血栓初期的治疗应该越早治疗越好。如果发现出现脑血栓晕厥现象，应该在20分钟内治疗，可以极大地减少脑细胞的死亡。在治疗过程中，可以使用高压氧治疗，提高脑血管的含氧量。在3-6小时内尽可能地采用溶栓治疗，消除血栓使血液循环通畅，可以降低脑细胞死亡率。在24小时内应该注意是否有颅内压升高的现象。
想要最大限度的治疗，那么应该在发病早期，指的是一般在四五个小时之内及时的去当地的三甲公立医院进行溶栓手术，如果说错过了手术的治疗时期，那么只能对症的应用一些保守的药物治疗。
常用的为药物治疗，使用抗血小板聚集药物，预防血栓形成，或使用他汀类药物，调节血脂水平，延缓动脉粥样硬化发生等。基础疾病的治疗，通过服用相关药物控制血压、血糖、血脂等，若确诊为脑血栓，还应在发生血栓三小时以内，积极进行溶栓治疗。
