脑血栓的治疗需要看具体的患病情况，而越早治疗，可能性就越大。手术治疗不仅风险高，还会造成肢体伤害，平添了痛苦。可以采用运动疗法是应用各种运动治疗肢体功能障碍，促进运动、感觉等功能恢复的治疗方法，为现代康复的重要治疗手段，开展关节活动度训练、肌力训练、关节松动训练、平衡和协调训练、移行训练、有氧训练、各种神经肌肉促进技术以及减重支持行走训练。
脑血栓治疗是比较困难的，因为脑血管手术风险太大，通常是以药物抗血小板的药物来进行治疗的，可以通过长期的服用药物来使脑血栓的血浓度降低，这样的治疗方法是比较温和的，易于掌控和坚持，而且长期用药能够降低疾病的复发率。
脑血栓初期的治疗应该越早治疗越好。如果发现出现脑血栓晕厥现象，应该在20分钟内治疗，可以极大地减少脑细胞的死亡。在治疗过程中，可以使用高压氧治疗，提高脑血管的含氧量。在3-6小时内尽可能地采用溶栓治疗，消除血栓使血液循环通畅，可以降低脑细胞死亡率。在24小时内应该注意是否有颅内压升高的现象。
这个病要注意康复训练，让患者进行手指关节的伸展，屈伸练习，对于瘫痪的肢体也有一定的帮助。如果偏瘫症状严重，可以帮助患者进行肢体按摩，让患者进行被动的活动等。
如果症状体征较轻，仅表现为局灶性体症状和体征，比如偏瘫，偏盲，偏身感觉障碍，或头晕，恶心，平衡障碍，共济障碍。同时可给予醒脑静或复方麝香醒脑治疗。有高颅压可以应用甘露醇降颅压治疗。
脑血栓是由于动脉粥样硬化所导致的。最好的治疗时间是建议在超急性期三到六小时之内进行溶栓治疗。溶栓治疗一般是采用的肝素药物，降低脑代谢，控制脑水肿，保护脑细胞。另外还要防止并发症，比如感染，多器官衰竭等。如果药物治疗没有效果，要及早的进行手术治疗。