囊肿比较大的需要手术治疗，做手术的时候必须将包膜完整的切除，否则容易导致复发。手术后需要口服药物或者打针进行消炎，半个月后可以拆线。一定要注意休息，不要劳累，注意合理的饮食。
肛周囊肿程度比较轻，可以通过注意休息坐浴，局部周围热敷，可以进行较快的缓解，如果肛周脓肿比较严重，需要进行手术治疗。肛周囊肿严重就切开引流。忌辛辣刺激忌酒，可消炎药物坐浴，按时休息，避免久蹲久坐，保持大便通畅。
如果囊肿比较小，没有什么明显症状，暂时可以不用特殊治疗，定期复查，看有没有变化就可以。如果在定期复查过程中发现囊肿长得比较大或者伴有疼痛不适等症状，如果有，需要考虑做手术治疗。
宫颈囊肿般选择物理治疗，3-7天创面可以恢复，完全恢复正常生活需要15-30天。宫颈囊肿手短时间内会出现不同程度的出血、疼痛或流黄色水状液体，属于正常情况，术后3-8周内应尽量休息，勤换内裤。如果选择药物治疗，最少需要2-4周，且治疗过程要禁忌性生活。
孕期卵巢囊肿的治疗方法如下：
卵巢囊肿其实就是卵巢组织异常增生而引起的肿瘤，可以是良性的或者是恶性的肿瘤，也可以是发生在单侧或者是双侧的。一般多见于20-50岁的女性，可导致女性不孕和激素水平的紊乱。怀孕后出现的卵巢囊肿分为生理性和病理性两种。如果出现一些紧急情况如囊肿蒂扭转或破裂时,临床表现为突发的腹部明显疼痛、恶性呕吐，应该立即就医进行手术治疗！
卵巢囊肿的治疗原则主要是对抗雄激素、就诊代谢紊乱、促进排卵。分药物治疗和手术治疗两种，药物治疗主要是调节月经周期，降低雄激素水平；手术治疗主要有腹腔镜手术和卵巢楔形切除术。