子宫内膜异位症引起的原因比较多，由于经血的逆流，宫腔和输卵管是相通的，由于在来月经的时候子宫内膜腺上皮和间质细胞可随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植于卵巢和邻近的盆腔腹膜。遗传的因素，如果家族史里面会存在有子宫内膜移位的疾病，那么发病几率比无家族史的人高出七倍。免疫和炎症的因素，由于自身的免疫细胞产生一些变化，各个环节就会产生一些变化，而造成有子宫内膜移位症的发生。
子宫内膜异位症的病因至今仍然没有明确，比较经典的说法异位内膜种植学说，它的意思是子宫内膜随月经血流或者因为手术到达身体的其它部位继续生长。临床上发现子宫内膜异位症的病人往往有家族聚集性，提示和遗传有一定的相关性。现在越来越多的证据提示，病人的自身免疫功能缺陷是引起子宫内膜异位症很重要的原因。
这可能是经血逆流；淋巴以及静脉的播散；医源性的种植的；医源性的种植就包括腹部切口和分娩后的会阴切口出现内膜异位症，可能是由于手术时将子宫内膜带到切口直接种植导致。
剖腹产后得子宫内膜异位，一般都是跟手术有关。因为剖腹产有一定的弊端，做完手术之后很容易引起并发症，而子宫内膜异位症也就是其中的一种，目前剖腹产的几率上升，腹壁伤口子宫内膜异位的发生也是越来越多，这种腹壁伤口子宫内膜异位症就是手术时把子宫内膜带到了腹壁伤口处，从而让子宫内膜在伤口处继续生长。
子宫内膜异位的病因至今尚不清楚。可能是子宫内膜细胞以某种方式移植到子宫以外继续生长。有些严重子宫内膜异位的妇女并没有症状，而某些病变很轻微的却出现难以忍受的疼痛，子宫内膜组织附着在结肠、膀胱上，可出现腹胀、肠蠕动时疼痛、经期直肠出血或排尿时下腹疼痛等症状。子宫内膜组织附着在卵巢或卵巢附近，有时形成子宫内膜异位囊肿，囊肿内充满陈旧性的血液。偶尔囊肿破裂可突然引起剧烈腹痛。
子宫内膜异位，其实就是内膜到了子宫体腔以外的组织。而导致内膜异位的原因，比如夫妻双方在经期同房了，可能引发经血逆流，然后会通过输卵管进入盆腔，然后内膜可能会异位到卵巢或盆腔腹膜。也有可能是在做妇科手术时，将子宫内膜带到切口，从而发生异位。还可能是不注意外阴部卫生，经期卫生等，不仅可能发生内膜异位，还可以引发妇科炎症等疾病。