对于性功能障碍的治疗，首先要找出性功能障碍的类型和诱发因素。只有找到了具体的原因，才可能成为治疗的目标。由每个人不同的身体状况引起的性功能障碍的因素也是不同的，这取决于是精神疾病还是疾病。这一点必须清楚地理解。如果找不到药物，盲目使用是不好的。
性功能障碍的治疗有这些，勃起功能障碍：包括药物治疗、真空负压勃起装置、手术治疗等。手术治疗包括血管手术和阴茎假体植入术。目前阴茎假体植入术是最终治疗选择，适用于其他治疗无效的勃起功能障碍，疗效确切。射精异常：以早泄最为常见，在使用药物治疗之前，建议通过性感集中训练，逐渐恢复正常的性交和射精方式，有利于恢复身心健康，减少花费。
健康教育：加强疾病认识，了解性交知识，消除恐惧，减轻心理影响；药物治疗：针对不同的性功能障予以相应的药物治疗；物理治疗：如不射精可进行电动摩擦治疗，不兴奋可进行振动治疗。
在临床上，引起性功能障碍的原因有：
第一点，就是生理上的问题，当人类变老时，性机能就会慢慢衰退。
第二，是心理上的原因，此外，也存在着一定的心理和心理问题，比如说患者在做爱的过程中会很紧张，也会因为之前的性爱失败而产生不正常的行为。还有一些性机能失调，这也许是因为宗教的文化观念造成的。
第三，也有可能是由于肥胖症引起的，患有糖尿病的患者，可能会引起性功能障碍。
性功能障碍主要表现为性交障碍、性欲障碍、射精障碍、性高潮障碍等。
性功能障碍是与神经系统、心脑血管、内分泌、生殖系统等相关的复杂生理过程。该病常会出现性交障碍、性欲障碍、射精障碍、性高潮障碍等。建议及时到医院检查治疗，可以选择药物治疗、性教育、心理治疗、行为治疗等，避免对生活和身体造成伤害，平时要注意饮食卫生，饮食清淡，不要过度劳累，要有充足的营养。
性功能障碍危害会影响夫妻之间的性和谐，甚至引起家庭婚姻不幸；导致心情压抑，会失去男人的尊严，丧失男性的阳刚之美，还有可能导致不育不健康的精子和卵子所孕育出来的生命质量是不能保证的，性功能障碍时身体机能下降的结果，积极的到医院进行检查治疗。