一般来说，耳朵上真菌感染可以使用药物治疗。
外耳道真菌感染，外耳道会出现豆腐块般的白色分泌物，外耳道和耳廓也会出现红肿、潮湿的情况。可以将外耳道的分泌物用温水清洗，然后用抗菌药物滴在耳廓上，持续使用一个星期，直至所有的外耳道和耳廓症状都消失，并保持干燥。在治疗过程中要避免食用辛辣刺激的食物，辛辣刺激的食物和酒精会刺激外耳道和耳廓粘膜，导致病情反复发作。
耳朵内有霉菌感染时，会感到奇痒难耐。在治疗的时候患者要注意保持耳朵的干净，避免潮湿，可以在耳朵里面滴入硼酸溶液，这样可以起到收敛和抑制渗出的效果。可以外用复方酮康唑乳膏，具有抗真菌的功效。
建议患者不能频繁的抠耳朵，也不能进行摘耳手术，以免造成交叉感染。不能随便买滴耳液，否则会影响到外耳道的正常细菌环境。真菌性外耳道炎首先要确定自身的免疫系统疾病和糖尿病，要及时治疗才能缓解。
真菌具有传播的特性，所以可相互传染和自身传染，分为浅部真菌和深部真菌两种。浅部真菌多感染于皮肤的表层，瘙痒难耐，可伴有疱疹、糜烂，深部真菌感染相对于来说较为严重，甚至可以危及生命。
生殖器感染者应服用抗感染药物调理。
若发生生殖系统感染，可选用诺氟沙星胶囊，左氧氟类或头孢类用药处理，还可进行药物敏感试验，结合药敏试验结果，在医师指导下，选用适当用药。治疗期间患者要注意保持清淡饮食，不要吃辛辣、刺激性食物，有利于身体的恢复。
一般来说，脸部真菌感染用硝酸咪康唑乳膏、阿莫罗芬乳膏等药有效。
脸部的真菌感染可以使用抗真菌的药物。例如：萘替芬康唑乳膏、联苯苄唑乳膏、硝酸咪康唑乳膏、阿莫罗芬乳膏、酮康唑乳膏、酸舍他康唑乳膏、盐酸特比萘芬涂剂。另外，如果是真菌感染导致的肉芽肿，需要服用伊曲康唑胶囊、氟康唑片、特比萘芬片等抗真菌药物。
