腘窝囊肿跟过度劳累或局部肌腱肌肉等软组织炎症有关，中医方面用中医辨证论治，对证治疗，如用活血化瘀，健脾利湿，消肿止痛的方药，外用舒筋活血的药物外敷会有所好转。
在临床上是非常常见的，如果没有什么不舒服的症状，是不需要特殊的治疗的，主要就是积极的注意休息，避免长时间的剧烈运动，如果有一些膝关节的滑膜炎骨性关节炎需要积极的进行治疗，否则关节积液增多容易导致囊肿的增大。如果局部囊肿增大明显，产生的局部明显肿胀的感觉，影响到关节活动受限，是需要积极进行手术治疗的，需要进行手术切除。
腘窝囊肿在绝大多数的情况下都需要手术治疗。因为只要发现腘窝囊肿，一般生长的都会比较大，不仅会引起小腿的血液供应，而且会导致下肢肿胀、疼痛，甚至有神经损伤症状，通常都需要在手术切开治疗。
如果左侧腘窝囊肿较小可以采取保守治疗，卧床休息，制动，尽量避免着凉或者劳累，劳损等不利因素，局部可以外敷活血化瘀的膏药或者配合针刺，艾灸等物理疗法，以促进囊肿吸收，如果左侧腘窝囊肿较大，可以选择手术治疗，切开后将囊肿摘除。
眼窝囊肿的病人在临床上多采取手术切除治疗。不要刺激囊肿部位，以免引起感染或其他不良状况。患有眼光中的病人，平时应该避免进食辛辣刺激性的食物，避免在阳光直射下活动，尽量选择清淡饮食，多吃新鲜的蔬菜水果以及一些富含维生素的食物。
可以进行保守治疗。但是如果囊肿是比较大的，已经严重影响到了膝关节的相关运动，一定要进行手术治疗，以免耽误病情。右侧腘窝出现囊肿，首先要考虑囊肿的大小，如果囊肿是非常小，对于平时的运动是没有什么影响的。