避孕药可能会刺激子宫内膜脱落，导致撤退性阴道出血。
长期服用紧急避孕药也可能造成不孕和闭经，孕避孕药由于其具备抑制，延迟排卵的作用和抑制子宫内膜脱落的作用，可使下次月经延期，也可能由于临时用药造成的一次性血液中激素水平的暂时升高，下降后发生撤退性出血，表现为月经提前，避孕药的副作用可能导致内分泌紊乱、月经不调、闭经、不孕或者肠胃不适、头痛、体重增加、神经紧张、情绪低潮、皮肤色斑和粉刺等。
建议不要把紧急避孕药作为常规的避孕方法来使用，建议在日常生活中如果想避孕，可以用避孕套给予避孕。也可以上节育环进行避孕，并且副作用相对非常小。
通常情况下，如果在同房后72小时内吃紧急避孕药，怀孕的几率通常较小；如果超出72小时，怀孕的几率较大。
紧急避孕药是一种短效避孕药，一般在同房后72小时吃效果最好，如果患者在同房后72小时内吃紧急避孕药，避孕效果较好，怀孕的几率通常较小；如果患者吃紧急避孕药的时间超出了72小时，可能会影响避孕效果，怀孕的几率较大。
常规避孕药是事前服用的，而且一般需要天天吃，紧急避孕药是事后服用的，一般是72小时之内有效，只需要服用一次。所以后者的激素用量是前者的5倍，所以副作用也比较大.不经常在一起的夫妻，就适合于紧急避孕药物来避孕。对于生活在一起的夫妻来讲，就适用于常规的避孕药物。避孕药物都是性激素类药物，长期服用会造成激素的分泌紊乱，进而引起月经不调、体毛增多等副作用的。
可以严重扰乱内分泌性激素水平，导致月经不调，可以出现长时间的不规则的出血，淋漓不尽。也可能长时间的月经不来，甚至出现闭经的情况，每个人表现的症状不一样。服用紧急避孕药1年内不得超过3次。
紧急避孕药一年之内，服用次数不应该超过3次。如果已经服用了，注意后面的性生活，全程使用避孕套，事后检查是否破损。还要检查是否怀孕，紧急避孕药并不是百分百成功的。
紧急避孕药如果只是偶尔服用一次危害不大，经常服用会影响卵巢功能。
偶尔服用紧急避孕药，大概3至5天左右的时间药物就可以完全代谢掉，而对于经常服用紧急避孕药的女性来说，可能会造成女性内分泌紊乱，月经周期改变，甚至是不孕。除此之外，紧急避孕药的副作用还有恶心、呕吐、不规则子宫出血、排卵期改变等，部分女性还会出现乳房胀痛、头痛、头晕、乏力等情况。
建议女性朋友最好不要经常服用紧急避孕药，一般建议一年不要服用超过三次，如果没有准备好怀孕，可以通过戴避孕套/节育环等方式避孕。