肉芽肿性前列腺炎主要是以下原因引起的：
1、泌尿道反复感染：泌尿道反复感染，造成炎症反应，造成导管阻塞。床上，约70%的患者都有过泌尿系统的感染。
2、医源性泌尿系统损害：前列腺炎多发生于术后半年，经尿道部分切除、前列腺穿刺活检、膀胱肿、卡介苗灌流等。
3有明显的全身症状，常见的致病微生物有真菌、结核杆菌、布氏克鲁斯菌、梅毒螺旋体等。
4、系统性疾病：全身性肉芽肿病的病人，身体的各个器官都会出现肉芽肿性结节，一旦上皮细胞受损，就会有细菌毒素和前列腺分泌物进入人体，从而引发前列腺炎症，从而形成肉芽肿性结节。
其主要病因可能是病原体感染、炎症和异常的盆底神经肌肉活动等的共同作用。临床某些以慢性炎症为主、反复发作或加重的无菌性前列腺炎，可能与厌氧菌及细菌变异为L型有关。沙眼衣原体、支原体、寄生虫、真菌、病毒、滴虫、结核分枝杆菌等也可能是该型的重要致病因素。
因包括细菌感染引发的炎症过程或外科创伤造成的组织坏死，前列腺增生也可能造成或加重前列腺导管的梗阻。感染和炎症破坏导管和腺体上皮，细胞碎片、细菌毒素和前列腺分泌物进入组织间隙，成为基质内异物，激发肉芽肿性炎症反应。肉芽肿性炎症可能是局限的，也可能累及整个前列腺。炎症缓解慢，需2～3个月的时间，局部被纤维结缔组织替代，质地发生变化。本病可分为非特异性、经尿道术后或针刺活检后性、特异性、系统性肉芽肿病。
前列腺的炎症、免疫、神经内分泌参与的错综的病理变化，导致以尿道刺激症状和慢性盆腔疼痛为主要临床表现的疾病。前列腺炎的临床表现多样化，可出现会阴、耻骨上区、腹股沟区、生殖器疼痛不适。
慢性前列腺炎是临床上比较常见的泌尿外科疾病，患有慢性前列腺炎一般会出现尿频、尿急、尿痛等不适症状。慢性前列腺炎主要是由于细菌感染引起的，也可由部分病毒感染引起。慢性前列腺炎一般由急性前列腺炎发展而成，所以当出现急性前列腺炎时，应进行规范、彻底的治疗，一般预后比较理想。如果因治疗不及时发展成慢性前列腺炎，一般治疗效果不佳，少数会出现病情迁延不愈影响生活质量。
肉芽肿性前列腺炎的发病机制尚不清楚，与局部强烈的异物反应有关。主要因素是前列腺导管阻塞，其可能由前列腺增生引起或加重，包括由细菌感染引起的炎症过程或由手术创伤引起的组织坏死。