怀孕初期孕酮低可能是怀孕时间较短的原因造成的。
通常情况下，常规的黄体酮检测是一种脉冲性的，因此，黄体素检测的客观性和准确性对临床应用具有一定的局限性。黄体酮、孕酮低，说明黄体功能不足，可以适当的服用黄体酮、孕酮等。如果出现了子宫内的阴道流血、腹部疼痛、胎儿畸形引起的孕酮偏少，那么补充孕激素就没有任何的实际价值了，要做胎儿状况的检测。
在怀孕初期孕酮指标偏低，这主要是由于胎儿不稳定引起，体内的孕激素水平偏低，所以很容易出现先兆流产，或者是停胎情况的发生。就要及时补充孕酮，避免发生先兆流产的问题，孕酮低，的原因目前也不是十分清楚，但是一般通过补充治疗之后，多数都是有效的。
孕酮低与孕妇黄体功能不足、甲状腺之类的内分泌代谢性疾病、妊娠期胎盘功能减退、异位妊娠、先兆流产等有关。女性孕激素主要是由卵巢、胎盘、肾上腺皮质所产生，未孕时随着月经周期而出现周期性波动、妊娠后孕酮维持在正常高值有利于胚胎着床发育、促进乳腺腺泡发育等。
孕酮过低一般是因胎儿发育不正常所致。
孕酮是从卵巢黄体中分泌出来的天然孕激素，孕酮能保持正常范围内的正常妊娠。先兆流产或宫外孕，均容易影响卵巢黄体对孕酮的分泌。所以在怀孕之后如果发现孕酮偏低的话，就需要先排除宫外孕，有先兆流产问题的话，同时会有胎心。也可以补充黄体酮来提高身体的孕酮水平。如果孕酮能恢复到正常水平，胎儿仍可保留。
孕酮偏低是自身体内黄体功能分泌不足或黄体功能不健全引起的，如果怀孕早期的话，孕酮偏低很容易导致胎儿发育不好，引起流产，胎停，一旦确诊怀孕以后，最好先检查一下孕酮，以防流产，孕酮非常的低，一般要在医生的指导下使用黄体酮补充，来促进胚胎正常的发育，一周后复查。平时多吃含豆类的食品，因为孕酮都是从豆类而摄取。