必须把以内的毒素彻底杀死，患者采用可使体内产生大量的内源性传统中药配合治疗，可以阻断疱疹病毒DNA的复制，就像给人结扎一样，使其不能产生新的病毒，从而快速清除疱疹病毒。
生殖器疱疹，是由于不洁性行为导致了一个疱疹病毒感染，目前的治疗方法就是坚持使用阿昔洛韦等相关药物抗病毒治疗。同时在生活过程中还要注意休息，增强机体抵抗力才行，保持局部皮肤的清洁卫生，不要有相关的不洁性行为，因为容易复发，还要注意复查。
生殖器疱疹是一种传染性极强，复发率极高，临床难治的性传播疾病，虽然是一种顽疾，但并非不治之症。治疗难点在于彻底杀毒，不留后遗症。西药起效比较快，可缓解或改善生殖器疱疹的不适症状。对重度的生殖器疱疹，尤其是反复发作、久治不愈的症状，光吃这些药基本无用。目前通过单纯性服用中药治疗生殖器疱疹较少见，通常仅用于辅助治疗，诸如一些清热解毒的中成药或草药，对临床不适症状的缓解有一定帮助。
生殖器疱疹只要早期进行正规的抗病毒治疗，一般可以治好的。但是如果没有及时注意，同时疾病出现进展，蔓延到生殖系统引发其他的并发症，就很难治好了。应该首先就诊于皮肤性病科，进行有针对性的抗性病、抗病毒的治疗。治疗期间应该避免性生活，因为性传播疾病会通过夫妻之间的生活传染给伴侣，从而导致疾病播散。疱疹病毒这种疾病还有复发的可能，因此在治疗期间应该及时、规律、足疗程、足剂量的进行有效的抗病毒治疗。
需要对于患者抗病毒治疗缓解症状缩短病程，以防继续发感染等。治愈性很难，易反复发作多食富含维生素、蛋白质的食物。如新鲜的蔬菜、水果、牛奶、鸡蛋等。忌辛辣等刺激性强的食物、抽烟、饮酒等。