肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
肛瘘的主要症状是局部流脓，湿痒及疼痛。初期流脓较多，色黄而稠，粪臭味重，久之，脓液逐渐减少，时有时无稀淡如水。肛瘘畅通时一般无疼痛感，仅有局部坠胀感，但也有因内口较大，粪便流入管道而引起疼痛，尤其是排便或有炎症时疼痛加剧，因脓液不断刺激肛门周围皮肤可引起肛周瘙痒症，也可伴发肛周湿疹，急性炎症期或慢性复杂性肛瘘，可伴有全身症状，如发热，贫血，消瘦和食欲不振等。
肛瘘常常会伴有肛周的干痒和有脓肿出现，也会使肠胃发生不适出现腹胀，腹痛的症状，排便也会受到影响，而且反复发作，长时间不愈合，和愈合以后很快又会肿痛破溃，肿痛和破溃这两种病症是交替出现。甚至伴有出血的症状。肛瘘这种病，是由肛周脓肿发展而来的。
关于肛裂肛瘘的症状有1.肛周或臀部瘘口经久不愈，或时愈时溃，溢出脓液，刺激局部皮肤痒痛不适。尽快找到相应的医院治疗，清楚了解自己症状，对症下药，尽早治好身体上的毛病，也要注意饮食少吃辛辣食物。
肛门口周围流脓周期性发作，时有时无，脓液较少。肛门口周围肿痛一般不疼，当脓液积存于管腔内引流不畅时，局部胀痛，当脓液流出后疼痛马上减轻。肛门口周围有肿块，大部分可在肛缘触及索条状硬块，按压轻度疼痛。