子宫内膜异位症并不是卵巢囊肿，卵巢囊肿属于肿瘤，子宫内膜异位症是子宫内膜长到了子宫以外的地方，多是长到卵巢，也叫巧克力囊肿。卵巢囊肿手术切除分良恶性，子宫内膜异位根据生长的部位治疗也是不一样的。
子宫内膜异位症就是子宫内膜组织，包括腺体和间质，出现在子宫体以外的部位。卵巢里面有很多卵泡、是卵泡生长的地方等卵泡成熟、被卵巢排出来后，如果被捕获后可能会进入输卵管、跟精子受精。因为每天、每个月都有卵泡成熟，不断成熟、排出的过程还会进行修复，这个过程有可能会发生癌变。
子宫内膜异位有痛经的风险，此时的痛经是继发性、渐进性的，一般出现在经期的前1-2日，头一日最为剧烈，但是之后对随着时间疼痛会慢慢减轻，痛经后痛感会减轻；也会导致不育，几率约为40-50%；子宫内膜移入直肠、盆腔后会有便秘、里急后重、腹泻等症状；移植到尿道部位，可能会发生周期性尿频、尿急、尿痛等症状。
子宫内膜移位症要根据患者病情，判断能否自然受孕。
若患者子宫内膜异位症比较轻，是可以自然受孕的。若病情比较严重的患者，子宫内膜的异位比较多，影响到卵巢甚至造成盆腔黏连，可能会导致输卵管变形，不利于受精卵着床，受精卵运行也受到影响，尤其是有过流产病史的女性，自然受孕的概率是较低的。一般治疗以后是可以受孕的，还能选择借助辅助生殖技术，帮助患者受孕。
女性出现慢性骨盆痛、痛经、慢性骨盆疼痛是女性的主要表现，主要表现为下腹深处的腰骶部，也有女性长期慢性下腹疼痛，引起慢性骨盆疼痛。
其次，可能会有性交疼痛，也会有月经不正常的现象，比如月经过多，月经周期延长，甚至会引起不育。出现腹痛、腹泻、便秘等症状也会出现。如果是子宫内膜异位症对输尿管造成的，可能会出现腰痛、血尿、肾积水、肾功能异常等情况。
通常情况下，患者可以通过使用药物、手术治疗等方式进行治疗子宫内膜异位症。具体情况分析如下：
使用药物：子宫内膜异位症患者可以口服避孕药、促性腺激素释放激素激动剂（GnRH-a）、雄激素类药物（丹那唑）、孕激素受体拮抗剂（米非司酮）等。
手术治疗：年轻且有生育要求的患者，应进行保留生育功能手术；已有子女且患者年龄较大，应进行保留卵巢功能手术。