巧克力囊肿形成原因主要是子宫内膜异位症，内膜移位到卵巢而形成的巧克力囊肿，子宫内膜在子宫腔内受卵巢分泌功能影响，而呈增生分泌脱落，形成月经。子宫内膜移位到卵巢内，卵巢内的内膜受卵巢分泌功能影响，也会呈增生分泌脱落，但在卵巢位置的内膜脱落不出来在卵巢内，时间长了形成巧克力样的囊肿，所以形成了巧克力囊肿。是由于子宫内膜移位到卵巢所致。
巧克力囊肿对于女性怀孕肯定是会造成影响的，主要是在受孕的过程中造成影响，由于巧克力囊肿是子宫内膜异位症，子宫内膜来月经的时候会导致囊内积压增加进而导致巧克力囊肿增大，这个时候会压迫输卵管，进而导致输卵管或者是影响卵巢的排卵功能，进而出现排卵障碍，所以有巧克力囊肿的女性，怀孕比较困难或者怀孕几率降低一点。
巧克力囊肿是子宫内膜移位到卵巢上以后，使卵巢呈巧克力样，因此巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，多表现为痛经，并且不宜受孕。现在已经怀孕了，那么就不会来月经了，因此也不会痛经了，而且巧克力囊肿不算特别大，可以先观察看看，并且注意不能腹部过度用力，以免引起蒂扭转。
巧克力囊肿手术后一般是不会有软泡的。术后要早活动。术后早活动的目的是防止盆腔的粘连，术后当天就可以下床活动两小时左右，术后第一天可以适当的增加下床活动的时间。如果没有牵扯到肠道，术后可以早进食。术后当日可以少量多次的饮水，术后第一天可以清淡的流质饮食，排气之后逐渐由半流质到普通饮食。
典型的症状就是下腹痛和痛经，尤其是在月经期间疼痛得更厉害，典型的症状就是继发性的痛经进行性加重。不孕，会改变体内的微环境，导致不孕症的发生。性交的不适，往往是因为性交时碰撞或者子宫收缩上提引起疼痛，一般是深部的性交痛。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位症引起的。子宫内膜异位症是指子宫内膜组织出现在子宫体以外的部位。其发病原因可能是经血逆流。有的子宫内膜异位症，没有任何症状，但大多都会表现为下腹痛和痛经，不孕，性生活不适，月经异常和子宫内膜异位囊肿，子宫内膜异位囊肿就是卵巢巧克力囊肿。
