卵巢巧克力囊肿有癌变的可能。卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢上而形成，对于卵巢的巧克力囊肿，恶变的可能性比较少见。临床上有一些情况，需要警惕卵巢巧克力囊肿恶变的可能，卵巢巧克力囊肿的直径比较大，直径大于10cm，需要考虑有卵巢巧克力囊肿恶变的可能。
巧克力囊肿癌变的几率非常小，一般是子宫内膜异位造成的，但是可能会影响生育，所以出现巧克力囊肿需要及时的手术，去正规大医院手术，大医院的医生相对经验丰富，设备比较先进。
巧克力囊肿的早期症状有：痛经，痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。性交疼痛，这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。不孕及月经失调。
手术一般有两种方式，开腹和腹腔镜。传统的开腹手术费用较低，3000元-5000元左右，但是创伤大，需要的恢复时间较长；腹腔镜手术创伤小，术后恢复快，费用总计约7000元-9000元左右，但是术后容易引起粘连。
巧克力囊肿手术费用大约5千元-7千元。巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗。药物治疗包括假孕疗法，假绝经疗法等，但只能缓解症状控制发展，所以对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗。
巧克力囊肿可以吃鸡蛋。巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到了卵巢，是不影响正常的进食的，鸡蛋可以补充蛋白质，有利于组织的修复，可以养心安神，滋阴润燥，对病情是很好的，但是如果有腹泻，发热的症状就不能吃了。对巧克力囊肿也没有直接的不良作用。