长期使用盐酸帕罗西汀片可能会出现胃肠道不适，如恶心、厌食、腹泻等。亦可出现头痛、不安、无力、嗜睡、失眠、头晕等。少见不良反应有过敏性皮疹及性功能减退。然停药可见撤药综合症，如失眠、焦虑、恶心、呕吐和胃肠胀气；其他还有乏力、性功能障碍(包括阳痿、性欲下降)副作用。低钠血症者较少见，主要发生在老年人，通常在停药后迅速恢复。而且在维持治疗期间药物剂量未变，也没有任何心理社会应激事件，却可能出现抑郁复发。
盐酸帕罗西汀片的副作用常见有胃肠道的不适，如恶心、厌食、腹泻等，也可出现头痛、不安、乏力、嗜睡、失眠、头昏等。少数不良反应可有过敏性的皮疹及性功能减退，突然停药可见撤药综合征，如失眠、焦虑、恶心、呕吐、胃肠胀气，还有乏力、性功能障碍，如阳痿、性欲下降等。
使血中胆固醇水平升高，嗜睡不醒，头痛或头晕，烦躁不安。心脏血管方面，会引起血压高，心动过速。最常见的是消化系统，有食欲不振、恶心、呕吐、腹泻或是便秘等。此药副作用虽然比较多，但不一定都会出现，与个体差异有关，有轻有重。
帕罗西汀片的副作用在几个方面，在代谢和营养方面，精神异常方面，神经系统方面，心血管系统方面，消化系统方面，肾脏和泌尿系统方面都有着很大的副作用，甚至还会使眼睛产生不良反应。
对于神经衰弱、抑郁或焦虑性神经症、疑病性神经症、植物神经功能紊乱、老年性抑郁等具有很好的功效。副作用是有神经系统症状，头晕、震颤、疲劳等。还可能出现精神障碍症状，比如，睡眠障碍、不安、躁动。
该药的副作用不大，是非常短暂而轻微的，患者都能够耐受而不影响治疗，会有轻度的口干、恶心厌食、便秘、头痛、震颤、乏力、失眠和性功能障碍，偶见神经性水肿、荨麻疹、直立性低血压。罕见的是锥体外系反应。