主要治疗方法包括药物保守治疗、透析和肾移植。发现尿毒症时，及时到肾内科就诊，并注意监测肾功能、电解质等。早期积极治疗可能会阻止或延迟透析。在指导下用于保守治疗的常用药物包括肠道吸附剂、灌肠剂、改善肾血流量和抗酸剂。
目前有血液透析、腹膜透析和肾移植三种方法。除了肾移植之外，其他的两种肾脏替代治疗均不能完全替代肾脏的功能，因此透析治疗属于不完全肾脏替代治疗。选择透析治疗时还需要给予药物治疗，以控制和减少并发症，所以相对来说，肾移植是比较好的尿毒症替代治疗方法。
是肾功能不全的话，那么如果是比较轻微的情况下，还是可以选择一些中药的，可以通过肠道排毒的方式进行治疗，那么中药已经是没有什么太好的效果，及早到医院去检查不要错因为这时候肾脏已经没有办法完成基本的功能，即使是吃中药的话，有可能也会加重负担。
低蛋白饮食，避免含氮代谢废物及毒物在体内蓄积，使肾功能进一步恶化。低磷饮食，可使残存肾单位内钙的沉积减轻。供给足够热量，以减少蛋白质分解，有利于减轻氮质血症，一般饮食中碳水化合物应占40%，脂肪应占30%～40%。
尿毒症其实就是慢性肾衰的终末期，而慢性肾衰竭是指各种肾脏病导致肾脏功能渐进性不可逆性减退，直至功能丧失所出现的一系列症状和代谢紊乱所组成的临床综合征。也就是说如果正常肾功能计为100%，肾功能逐步丧失到肾功能损伤剩余4%时，成为尿毒症。尿毒症患者需要做透析，甚至是需要做肾移植。
比较好的治疗方法是透析或肾脏移植，因各种原因不能进行透析或肾移植的，可以采用保守治疗，包括控制感染、避免导致肾损伤药物的使用、注意休息、避免劳累以及药物的使用。