术后的二十四小时之后，要将伤口里面的填充物取出来，按时服用抗生素。肛瘘术后四十八个小时之后促进排便。日常要适当地做肢体动作，可以增强体质，对伤口的恢复更加快速。
预防肛瘘首先养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。
混合肛瘘手术后仍然需要定期换药，经常进行清洗，避免手术切口假性愈合，在日常生活当中不能吃辛辣食物和刺激性食物，多吃新鲜蔬菜和水果，保持大便通畅。注意局部卫生。
一般肛瘘的手术后是要精心护理的，第一是为了病情能够得到尽快的恢复，第二是为了预防病情反复，平时要注意要遵医嘱用药，每天要给伤口做好清洁，定时换药，饮食上尽量以清代银饮食为主，不要吃辛辣刺激的食物，尽量卧床修养。
肛瘘的护理主要是保持肛门部的清洁，避免肛瘘发生感染，形成脓肿。可以每天清洗肛门。主要是手术治疗，非手术治疗适用于不能手术的病人，因为肛瘘主要是由内口、外口和瘘管组成，非手术治疗只能是急性期消除炎症，不能消除瘘管，所以效果不好。