慢性肾盂肾炎的治疗:一般治疗，注意个人卫生，摄入充足水分，定期排空膀胱，睡前排尿，可行二次排尿法。寻找复杂因素并去除，如手术解除梗阻或纠正反流等。应用抗生素治疗的原则：仅治疗有症状的细菌尿、用药之前行细菌培养并根据药敏结果选用抗生素、忌盲目使用抗生素而不注意去除复杂因素。
慢性肾盂肾炎的治疗分为普通治疗和抗感染治疗两部分，普通治疗包括多饮水，勤排尿；若伴有发烧，应对症降温处理，并卧床休息；若有结石或者畸形存在，可以进行外科治疗。抗感染治疗，针对培养细菌，进行相应抗感染治疗。治疗以后也需要每月复查1-2次，若有复发情况发生，则继续进行治疗，直到尿细菌培养为阴性为止。
治慢性肾盂肾炎的办法是：抗菌药物治疗，常需两类药物联合应用，药效无用时可选用敏感药物分2-4组，轮换应用，可防止再发，对重新感染引起再发的慢性肾盂肾炎更为有效。病因治疗，首先应找寻不利因素，如尿路结石、畸形、尿道颈梗阻、前列腺炎、尿道内炎症病灶、膀胱输尿管返流等，并设法纠正。
对于慢性肾盂肾炎的治疗方法，寻找并去除导致慢性肾盂肾炎发病的易感因素，解除尿路梗阻，纠正尿路畸形，提高机体免疫功能。已有肾功能损害的要注意维持水的平衡。有高血压的要降压治疗。要多注意休息。
治慢性肾盂肾炎用的方法有：超短波疗法，将两个板状电极置于肾区，即肋脊角与肋腰角之间的区域，前后对置，无至微热量。手术治疗，手术治疗肥大的前列腺，使尿路梗阻得以解除，就可以有效的治疗慢性肾盂肾炎。
慢性肾盂肾炎常用的治疗方法为：病因治疗，先查明原因，再根据病因预防及治疗，若病情较轻，可按药敏选择用药，若病情较重，应用大剂量杀菌药治疗。微波疗法，微波辐射疗法是以圆形辐射器置于肾区，适用于慢性肾盂肾炎。
