月经老是不干净，呈咖啡色可以通过一般治疗、使用药物等方法进行治疗。
1.一般治疗：如果是腹部受凉导致的，建议注意一般治疗，即适当休息，适当使用温毛巾热敷腹部，有助于缓解症状。
2.使用药物：如果是宫颈炎导致的，建议患者在医生的指导下使用药物进行治疗，常用的药物主要有头孢克肟胶囊、氨苄西林丙磺舒胶囊、盐酸左氧氟沙星胶囊等。
月经老是不干净咖啡色可能是经期延长中血虚证的范畴，多与患者平素抑郁、愤怒伤肝、气郁血滞；或外邪客于子宫，邪与血相搏成瘀，瘀阻冲任、子宫，促使经血妄行等原因有关。建议患者保持心情舒畅，不要冒雨出行，注意保暖和休息，也需服用益母草颗粒、少腹逐瘀汤、八珍益母丸等中成药来治疗。若服药1月后症状未见好转，建议及时就医。
月经期间，如果出现咖啡色的月经，可能是妇科的炎症性疾病导致的，会对月经有一些影响。当患有阴道炎、子宫内膜炎、子宫颈炎等妇科炎症时，可能会出现月经颜色改变的情况，患者要注意观察自己的症状，看是否有痛经、阴道异常分泌物增多以及月经功能失调等情况，如果有，应及时就诊。患者也需要定期去医院做妇科检查，排除其它器质性病变。
这种情况要考虑是崩漏，主要是平时过多的吃冷饮的食品，加上天气的变化，腹部受寒，容易出现例假淋漓不断、血性分泌物、血块的等现象，而且也容易出现腹部疼痛、痛经等症状。这种情况要注意休息，注意保持阴部清洁干爽，防止发生炎症。
如果身体有不适，可以检查体内激素六项，或者服用益母草颗粒，配合中药固冲汤加减，调经止血治疗。
对于月经第一天颜色呈深咖啡色是不正常的，正常的经血颜色为暗红色，刚开始量少，呈淡红色，然后逐渐加深。第一天颜色呈深咖啡色，考虑是有少量的出血，同时和腹部受凉、寒凝血瘀或肝气郁滞、气血不通有一定关系，可以适当地喝点红糖水，注意腹部的保暖。同时需要注意观察，有血块腹痛等，可适当地口服药物颗粒。
一般情况下，如果来月经的第一天或月经即将结束时经血呈咖啡色，并且没有其他不适症状，一般是正常的生理鲜血，因为这种情况下，经血量较少，容易呈咖啡色。如果整个月经期间经血都呈咖啡色，则一般不正常，可能是腹部受凉、妇科疾病等原因导致的，女性需要做好腹部保暖，可以通过热水袋、热毛巾等物品来热敷腹部，同时，女性可以到医院进行相关检查，以明确病因，并进行针对性治疗。