肾穿刺最严重的并发症就是肾脏的出血。
肾穿刺如同从头上取十几根头发，因为每人有两个肾脏，每个肾脏有100个肾单位，以此肾穿刺取10-20个肾单位，其对人的损害如同揪头发的损害一样。但是肾穿刺过程中可能会出血、感染、误穿其他脏器，造成肾脏出血。
建议一定要积极的进行肾穿刺，切不可因为害怕而拒绝做肾穿刺检查，不利于患者治疗。
一般情况下，脑炎做穿刺有危险，具体内容如下：
在进行腰椎间盘穿入的时候，会有一定的脑脊液从穿刺区排出，从而使脊索的蛛网膜下腔内的气压下降，此时，可能存在诱发其他病症的危险。如果病人脑中的气压下降，可能会造成脑部和脊髓的沉降，从而导致脑干在枕骨大孔处受到压迫，最终可能会引发脑疝。因此，脑炎病人做穿刺是存在一定危险性的。
做肾穿刺其实是没有太大危险，肾穿最主要的并发症主要是出血，但是出血的概率很低，24小时的出血概率，按照循证医学的证据大概不到1.2%，后期只要过了24小时，能够注意简单的注意事项，比方不要剧烈运动，不要磕磕碰碰，在三个月之内不要去打球、跑步等，一般来讲没有太多危险。
做完羊膜穿刺可能会有一些危险性，主要包括：
1、穿刺有可能造成流血，对胎盘的刺激可造成胎盘的大出血。
2、会造成对胎儿的伤害。
3、会导致羊膜腔的炎症，导致子宫受到严重的影响，从而影响到母体和胎儿的健康。
4、穿刺导致的羊膜破裂。羊水穿刺后要密切注意孕妇和胎儿在子宫里的状况，因为羊水会从断裂的动脉流入到血液中。在进行B超彩超的时候要先进行羊水的检查，确定羊水的状况，如羊水量不足，需要在B超的辅助下进行羊水穿刺。
如果出现腹痛、子宫胎动、头痛、头晕等不适，应立即告知医生，采取治疗。
做了肾穿刺的危害有穿刺后约80～90%有镜下血尿，肉眼血尿的发生率因穿刺针损伤程度而异，约5～50%。血尿在1～5天内自行消失。腰痛，肾穿刺术后，多数病人有同侧腰痛或不适感，约3～5天自行消失。感染，穿刺术后感染不是很多见，多因消毒不严或原有肾感染在穿刺后细菌扩散所致。