肾囊肿可以引起肾脏皮质的破坏，影响肾脏功能。
囊肿增大压迫肾组织可引起血尿，并可诱发尿路感染、结石、梗阻及腹膜后出血，少数有恶变的可能。一部分肾脏肿瘤（如囊性肾癌）会因为肿瘤内部形成坏死。囊肿很大时，才会有腰部酸痛症状。当囊肿较大时或者有肾功能减退。囊肿有可能突然破裂,导致感染和病情加重,长期压缩周围的肾组织影响肾功能。
建议早发现早治疗，建议去医院请医生结合临床择期进行手术治疗，并注意个人卫生，保持心情舒畅，避免过度劳累，加强营养，忌食生冷油腻辛辣刺激性食物，忌烟酒。
如果很大，进行手术的一个抽液处理治疗的。但是如果不是很大，可以进一步观察，然后定期复查肾功能，尿常规泌尿系超声这些。其没有什么特殊的。肾囊肿如果很大或者是破裂，也会引起腰部疼痛不舒服的。
肾囊肿对于人体的影响更多在于其占据了肾实质的位置，压迫肾实质影响肾功能的角度。如果肾囊肿在肾里，尤其在肾实质里，一般随着囊肿增大会压迫周围的肾实质，导致局部的肾实质缺血，最终影响肾脏的功能。
肾囊肿是可以治疗的，肾囊肿都是后天形成的，它来源于肾小管憩室，随着年龄的增大会逐渐出现憩室的增多，从而形成肾囊肿。对于它的治疗主要是根据囊肿的大小以及合并的并发症来决定的。大部分的肾囊肿都不会超过两个厘米，对肾脏，对身体都没有什么影响。多是在体检的时候发现的，不需要特殊的用药治疗，每年定期复查就可以了。如果囊肿增大到5-10厘米，那么出现感染破裂出血的风险会增大，需要外科微创手术治疗的。
有可能会出现腰、腹不适或疼痛，肾脏因多囊含水量大，变得沉重，下坠牵拉，也会引起腰部疼痛。症状有疼痛，为隐痛，钝痛，固定于一侧或两侧，向下部及腰背部放射，血尿，可表现为镜下血尿或肉眼血尿。腹部肿块，有时为病人就诊的主要原因，60%—80%可触及肿大的肾脏。肾脏愈大，肾功能愈差。
肾囊肿压迫到肾盂输尿管容易造成肾积水，影响到肾功能。如果是囊肿破裂，会引起疼痛和感染等症状。肾囊肿临床上十分的常见，属于肾脏的良性病变，主要是由于肾脏的集合管堵塞造成的，肾囊肿长期没有任何的临床症状，随着囊肿的不断增大，就会表现出一系列的临床症状。如果囊肿较大压迫到肾包膜会引起肾脏酸胀，疼痛等症状。