肛瘘一定要通过手术治疗，而且越早越好。不手术治疗肛瘘效果不稳定，如过食辛辣厚味，或受凉腹泻，或劳作太过等，局部的炎症就可复发，感染化脓。当闭合口较坚固时，可在原口处重新流脓，如此反复不愈。若闭合口道，如此反复，瘘管就会逐渐增多。
肛瘘多是由于肛周脓肿破溃之后形成的，所以肛瘘的治疗时间是在肛周脓肿破溃之后。内口以及瘘管相对比较清晰，而且瘘管相对不多，容易处理干净，避免肛瘘术后复发。多属于低位的单纯性肛瘘，只要清除干净内口以及瘘管，手术就可以成功。肛瘘在临床上治疗，越是复杂性肛瘘或者高位性肛瘘，其术后复发率相对就越高。肛瘘持续时间越长，瘘管就越多，对肛周的组织损害越大，不利于术后的恢复。
肛瘘有很多治疗方法。常用的是传统药物疗法，传统手术方法和微创疗法。肛瘘由内外口和瘘管组成。如果肛瘘严重，可能有多个瘘管和瘘管。如果传统疗法不能发现准内，完全消除原有感染，或瘘管未完全切除，很容易复发，这是传统手术的一大缺点，肛瘘想要彻底治疗，还需要微创手术肛瘘治疗方法比较好。
肛瘘是一种感染性疾病，早期一般是表现为肛门周围疼痛，会出现发热，肛门坠胀的情况，在溃疡后会出现流脓血的情况，而且会反复发作，所以建议采用手术治疗。平时也要注意饮食清淡，多吃蔬菜水果，不要吃刺激性的食物，同时也要注意局部的卫生。
患了肛瘘必须要手术治疗，手术治疗原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。根据瘘管深浅、曲直，可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。少数可行肛瘘切除后一期缝合或游离植皮。