细菌性的包皮龟头炎主要由于细菌感染所引起，通常会出现分泌物增多，疼痛，溃疡的症状。而真菌性龟头炎是由于真菌感染所引起，通常为念珠菌，会发生剧烈的瘙痒，脱皮，潮红等现象。具体的明确，需要做检查。
判断龟头炎是真菌还是细菌还是滴虫感染，简便可靠的方法就是到医院进行涂片检查，在显微镜下一目了然，然后对症治疗。急性浅表性龟头炎是龟头急性炎症，常由于创伤、摩擦、肥皂、清洁剂等刺激局部而引起。
龟头细菌感染是龟头炎，如果是真菌感染就是会出现癣。细菌感染通常以化脓、渗出为主，而真菌感染，以龟头潮红、搔痒、分泌物多，清洗时包皮垢明显增多为主。细菌性龟头炎，通常消毒后，涂软膏。而真菌感染性龟头炎，消毒后，涂抗真菌软膏进行治疗。
细菌感染龟头炎疾病是不会自愈的，只能是通过科学正确的治疗方法来治疗才能恢复。所以在治疗的同时还需要做个人防范措施，对于贴身的衣物要进行消毒及勤换勤洗，如果对方也有念珠菌感染的疾病，需要两个人一起治疗，这样才能达到更好的治疗以及避免复发的情况。
龟头炎真菌感染局限于皮肤角质层的最外层，极少甚至完全没有组织反应，感染毛发时也只累及毛发表面，很少损伤毛发。龟头炎细菌感染当机体免疫功能下降时，不能充分发挥其吞噬杀灭细菌的作用，即使入侵的细菌量较少，致病力不强也能引起感染。
细菌感染龟头炎可以涂点药是常见病因不洁性生活感染，包皮过长，病原微生物侵入，局部卫生欠佳等，建议注意个人卫生情况，尤其局部的清洁，生活规律，饮食清淡，多饮水，忌辛辣刺激性食物，及时到正规的医院做外生殖器分泌物，细菌培养等相关检查明确。