肛瘘的发病很复杂，现在机理不明确，临床上主要以肛腺的感染为主，肛腺长在肛门内，一般看不到，而且肛腺它的作用，跟腮腺的作用是一样，会分泌一些液体软化大便，肛腺口张开细菌进去以后就容易造成感染。这种感染首先表现的是肛周脓肿，就是肛门周围起疖子，但是大部分离肛门近的疖子，基本上都考虑是由肛周感染而来，必须要手术。
中医是可以治好肛瘘的，肛瘘的挂线疗法，也就是中医的一个治疗方法，平时也要注意形成便秘，以免加重肛瘘的发生，要采用口服抗生素来进行治疗，加强营养，高蛋白饮食，多吃维生素含量比较高的食品，多吃新鲜的水果蔬菜在治疗期间一般是要多休息，多喝水。
得了肛瘘，必须通过手术治疗，肛瘘的手术一般都是以挂线手术为主，有高位的和低位的，肛瘘的手术，也有复发的，这是需要术后积极治疗和观察的。肛瘘直肠内和肛门皮肤外面两个口相通，大便从小洞里流出，成为肛瘘。
肛瘘的发病原因非常多，由于发病的原因不同，病情的变化不一。因此，在临床具体运用时，治法也是多种多样的。归纳起来，大致有清热凉血，清热利湿，清热解毒，补益气血、泻热通腑、养阴润燥、补中益气、活血祛瘀，滋阴清热和温阳健脾等法则。
肛瘘一般需要手术治疗。源于肛腺的化脓性感染，波及肛周组织和器官，在肛管或直肠部位形成病理性通道，即应手术治疗，并且要及时治疗。因为病程较长，瘘管可能向四周蔓延，形成较多管道或较多外口，成为复杂肛瘘需要手术治疗。