肛周囊肿可采用药物治疗、热水坐浴、局部理疗等方法消散，但多数需要手术切开囊肿，充分引流脓液，防止其不断扩散，以减轻疼痛等症状。要注意清淡饮食，多吃易消化食物，保持大便通畅，避免久坐。
早期症状很轻微，具有肛门部不适或沉重感，继则肛缘有一突起包块，出现剧痛，有时伴有全身症状，如果脓肿位于前侧可出现排尿困难。去专业正规的医院进行检查和治疗。肛周脓肿手术后需要注意不要饮食辛辣，因为刺激性的食物会再次诱发肛周炎性，导致创口不愈合，手术后要根据自己的情况及时更换药物，加快恢复。
肛周囊肿是指肛周囊实性肿物，不同于肛周脓肿，多数病人无典型临床症状，仅在肛周触及囊实性包块，因此容易被忽视。肛周囊肿包括肛周皮样囊肿、坐骨结节囊肿、骶前囊肿。骶前囊肿可持续10-20年，因无症状，未引起重视，一旦发病，出现排便不畅才就诊，可能部分已出现癌变；坐骨结节囊肿因长期摩擦导致，常见于跳舞、长期卧床者。
轻度肛周脓肿可以治好，在此期间，要注意饮食，避免进食辛辣刺激性食物，避免长时间坐着蹲，可口服或注射广谱抗生素，用复方荆芥熏洗液熏蒸和洗涤，防止炎症扩散，缩小其限制和缓解肿胀和疼痛，如果保守治疗不明显并且脓肿逐渐增加，则需要手术治疗。
肛周囊肿的症状是在肛门周围成直肠内指诊可摸到柔软、压痛、有波动的肿物，用注射器穿刺可抽出脓汁。若自行溃破或切开排脓后疼痛缓解或消失，体温下降，全身情况好转。但流脓的伤口却不易愈合或暂时愈合后又复发流脓，经久不愈，就成为肛瘘。由于脓肿发生的位置不同，症状也不同。