一旦确诊为肛瘘，唯一有效的方法就是手术的，除此之外没有任何保守疗法的，可以选择微创无痛手术的。建议多注意观察目前的情况，可以使用碘伏液进行擦拭消毒。疼痛感会随着时间慢慢减少减小。恢复需要一个多月的时间。
瘘管排脓较多，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成。瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升，以后封闭的瘘口破溃，又排出脓液，也可从瘘口排出气体或粪便。
肛瘘并非要全部手术治疗，可以中医保守治疗避免手术，排除脓血和腐肉，愈合好内口和外口可以恢复很好的，饮食多注意不吃辛辣刺激性食物和牛羊肉和海鲜，酒要先禁止引用。肛瘘的早期症状大多会表现在肛周脓肿上，有些有内口、外口，有些表现症状没有，但能摸到瘘管，大多都是直肠壁感染形成的，肛周脓肿不一定都是肛瘘的，早期的及早治疗可以避免诱发肛瘘。
多吃润肠通便的果蔬，例如苹果、香蕉、梨等、冬瓜、香蕉、黑芝麻油，蜂蜜水等。为了促进肠蠕动还可喝酸奶，多食含膳食纤维丰富的食物，例如麦麸、豆类等。忌食有刺激性的食物，如酒类，辣椒，海鲜等。
肛瘘是肛肠科常见且多发的疾病。肛瘘通常由肛周脓肿本身破裂，或者是人工切开后留下的管道。肛周脓肿和肛瘘是一种疾病的两个过程，而肛周脓肿是肛周软组织感染的化脓性疾病。患有肛瘘要治疗，都应该通过手术来治疗。