肛门疣主要是切除疣体，再加上抗病毒治疗。尖锐湿疣多通过高频电切、电凝的方式将疣体切除，外涂抗生素软膏保护创面，预防感染；后续反复发作的话，需要多次切除。再在专业医师指导下，定期注射药物来抑制病毒复制。
小儿肛门疣怎么治疗，小孩在七八个月的时候发现肛门四周长了比米粒还小的疙瘩首次去医院看医生说是带尿不湿弄得开点膏药回来擦了没用去了大医院一查是肛门湿疣后期做了一次火激光没用又做了两次冷冻加光照还是没有用现在疣体越长越大了有什么方法或去医院有方法。
可以在医生的指导下采用中医治疗。肛门疣，是一种疣可发生在直肠。肛门疣现在很常见恼人的情况，影响周围地区的肛门。有时他们还可以影响皮肤和生殖器方面身体。起初他们看来，作为一个小小的瑕疵后，他们可以成长非常大，甚至大于尺寸的豌豆。
想检查肛管到肛肠专科做个肛门镜和肛门指检就可以了，肛门尖锐湿疣患病初起呈绒毛状，散在小乳头，在黏膜多为湿性湿疣，在外面多为干性湿疣。湿性疣呈淡粉红色，而干性疣则呈褐色或灰色。其生长较快，成倍增体增长，可生长为成簇的花瓣状疣体，其根部多细而孤立。可有瘙痒或稍微疼痛，阴道或肛门部有分泌物增加，略有臭味。
应该进行药物治疗。以局部用药为主，每天涂药多次，七天左右可以愈合，不需吃药打针挂水等全副身心性治疗，激光、冷冻等常规的物理方法治标不治本，单独用多在短期内复发，可配合伤口涂药达到彻底愈合。要引起重视，以免加重病情。忌口海鲜、鸡蛋。勤更换内裤，清水冲洗，不可以用洗涤用品清洗皮肤避免加重过敏症状。一般半个月会自愈。