病毒疣一般指疣，一般是通过外用药物和物理疗法来进行治疗。
外用药一般是针对大面积的皮疹或者是难以进行物理治疗的，具体的用药和方法也会有所不同。维A酸软膏主要用于治疗扁平疣，对顽固性跖疣，平阳霉素、5-氟尿嘧啶注射液均能引起疣体萎缩、脱落。对于皮疹数量较小的患者，一般采用冷冻、电灼、刮除、激光等物理治疗。
病毒疣通常可以通过药物治疗、物理治疗等方法治疗。
如果确诊为病毒疣，病人可以在医生的指导下服用抗病毒药物、免疫调节药物，同时可以涂抹咪喹莫特、氟尿嘧啶等药物，还可以采用物理治疗，如液氮冷冻、激光烧灼等。
在治疗过程中，病人要注意日常护理，切忌抓挠患处，不要烫洗皮肤，建议饮食以清淡为主。
儿童病毒疣医院都是采用常规的激光、冷冻、外涂药等物理治疗为主。虽有立杆见影的效果，但只能消除肉眼能看见的疣体，并不能清除亚临床症状，治标不治本。采用物理治疗后用免疫制剂治疗，此类方法也只能抑制病毒的复制，容易复发。
病毒疣常用的治疗方法有光动力学方法、系统或局部外用光敏剂，光照后引起局部细胞死亡，物理疗法有冷冻方法、电灼疗法、激光治疗、红外凝固治疗，也可以使用药物进行治疗，注意加强营养。
可以采用液态氮冷冻治疗、电气烧灼、化学药物烧灼或二氧化碳雷射治疗等方法来治疗，如果疣的数目多或局部治疗效果不明显，可考虑喝刺激人体免疫反应的药物，帮助抵抗病毒的进一步感染。