在做治疗的时候，要先控制病因，对于感染因素导致的，需要先消除感染再做治疗，如果里面有肿物需要切除。可以选择做输精管附睾吻合术，针对病变在附睾尾部，而对于梗阻在输精管处，可以行梗阻段切除或者是做输精管端吻合术。
对于输精管阻塞的治疗主要是对因治疗的，也就是说先要找出输精管阻塞的病因，找出病因后先治疗病因，病因没了以后输精管自然就会通畅了。临床上对于输精管堵塞的治疗最为常见的方法还是手术治疗，其中，输精管吻合术就是一种能有效治疗输精管堵塞且难度较低手术，具有对输精管的损伤小、治疗时间不长的优点。
输精管阻塞分为先天性和后天两种，主要表现为精少。
输精管是先天性的，只有在有睾丸和射精管的地方才会出现。先天性的输精管缺如或者闭锁、现在性的附睾发育不良、睾丸附睾不连接、先天性精囊和射精管缺失等。后天性输精管阻塞是指因炎症导致的输精管阻塞。如果出现输精管堵塞，则会出现精液中没有精子或精子，睾丸形状正常，体积较小，质地较好，如果是男性，则会出现输精管、附睾、输精管，如果触觉不正常，fsh值一般不会升高。临床上又称假性无精子症，主要表现为精液中没有精子，精子数量很少，睾丸的形状和体积不大，质地基本正常。结果显示，附睾、输精管均有明显的异常，FSH值在正常范围内或略有升高。
一般情况下，输精管堵塞无明显症状，患者也无不适症状，通常在精液常规检查中诊断出。具体分析如下：
输精管堵塞是男性不育症常见病因之一，患者通常没有明显的症状，也无不适症状，通常在精液常规检查被提示精子少甚至无精。由于输精管堵塞，睾丸产生的精子不能通过输精管或者仅有少量精子通过输精管达到精囊，因此精液中精子量很少或者没有精子不能使女方受孕。造成输精管堵塞最主要的原因是生殖系统慢性炎症，比如精囊炎、附睾炎等，患者需要进一步检查，必要时可进行抗感染治疗。
输精管先天未发育或发育不良、与附睾不相通等，常伴精囊不发育，致精液量少，无精子。炎症性狭窄：各种致病菌使输精管发炎，形成瘢痕，致管腔闭塞。严重者致无精症。肿瘤：来自输精管本身或邻近器官肿瘤压迫所致管腔不通，也是造成无精症的原因之一。
输精管堵塞，首先可能会造成男性的不育，因为精子不能通过输精管排出。另外，会造成睾丸的萎缩，还有就是会引起并发症，比如睾丸缩小等。另外，还会对病人的心理造成很大的阴影。