甲状腺囊肿手术一般不危险。
甲状腺囊肿为良性病变，小甲状腺囊肿可以观察，考虑可以不用手术。甲状腺囊肿较大，对气管、血管有压迫或影响颈部美观时，可考虑治疗手术。手术时，可单纯将甲状腺囊肿从甲状腺上剥离，进行甲状腺缝合。这个手术一般不危险。其危险因素包括甲状腺术后出血、气管塌陷、喉返神经损伤等，这些问题医生可以设法避免。
甲状腺囊肿不一定需要手术，其治疗方案取决于结节是否多发、结节大小、结节边界是否完整、钙化与否等来定。
甲状腺囊性结节大部分由甲状腺结节或腺瘤退行性改变引起。囊肿内亦有血液微混悬液，与周围边界清晰，质地坚硬，一般无压痛，核素扫描为冷结节，少数患者可由先天性甲状腺舌骨囊肿或第四鳃裂残余引起。结节大于1厘米，单发，结节边界不完整，结节内伴泥沙样钙化，须警惕甲状腺癌，可细针穿刺细胞学检查治疗，必要时外科手术治疗。
甲状腺囊肿、是细菌感染局组织异常增所致、吃药打针效果不佳。去医院外科、内分泌科进一步检查。做甲状腺囊肿切术。抗感染、抗消炎。甲状腺囊肿需要挂内分泌科检查，做甲状腺B超和甲状腺功能检查，在医生指导下处理，必要时手术治疗。
甲状腺囊肿有的可能会自愈。
甲状腺为单纯囊肿，如2-3mm，甚至1mm等很小时，经过一段时间复查后，可发现不进行治疗，甲状腺囊肿也会消失，之后可能也不再出现。但甲状腺囊肿较大时，完全消失的可能性就小，囊肿可能会变小，但不容易完全消失。因此，甲状腺囊肿是否能自愈不能一概而论，小的单纯囊肿可能自愈。甲状腺囊肿一定要根据情况进行具体分析，不要自行处理，需要去医院就诊，向医生寻求最佳建议。
甲状腺囊肿的危害主要与囊肿的大小有关，小的囊肿并不会造成危害，但是囊肿比较大的时候可能会引起颈部不适，甚至压迫气管和食道，出现吞咽困难、呼吸困难等症状，所以甲状腺囊肿的主要危害在于压迫症状，同时也有可能继发感染破裂或癌变。所以甲状腺囊肿的危害比较大，小囊肿定期检查不会有太大的问题，如果囊肿比较大，可以做甲状腺手术、硬化或者射频消融等治疗。